-الشيخ أحمد بن زين الدين الأحسائي «ت 1241هـ» : يضم المركز أربع عشرة مخطوطة من مؤلفاته [33] .

مكتبة الوزير «يزد» :

مكتبة تقع في مدينة يزد، قام بتأسيسها الحاج السيد علي بن محمد الوزيري عام 1333هـ، ثم أهديت سنة 1348هـ، إلى مؤسسة آستان قدس رضوي «مكتبة الإمام الرضا » في مشهد المقدسة، مع الحفاظ على المكتبة في مكانها [34] ، وقد ضمت هذه المكتبة مخطوطات مختلفة من التراث الأحسائي يمكن تصنيفها بحسب مؤلفيها كما يلي:

-الشيخ أحمد بن زين الدين الأحسائي «1166- 1241هـ» : «29» [35] مخطوطة لكتب مختلفة، بعض هذه المخطوطات يوجد لها مخطوطات عدة وهي تتراوح بين نسختين لتصل في البعض منها إلى «19» مخطوطة لنساخ مختلفين، لتشكل مجموع النسخ المتشابها إلى «56» [36] نسخه.

-الشيخ محمد بن أبي جمهور الأحسائي: «4» [37] مخطوطات.

-الشيخ علي نقي بن الشيخ أحمد بن زين الدين الأحسائي: «3» [38] مخطوطات، إضافة إلى «4» نسخ مخطوطة مكررة لواحدة من المخطوطات ولكن بأقلام آخرين.

مكتبة آية الله العظمى السيد الكلبايكاني:

وهي من مكاتب قم المقدسة البارزة التي أسسها المرجع الديني آية الله محمد رضا الكلبايكاني، وهي تضم الكثير من المخطوطات، فيها من الكتب الأحسائية ما يلي:

-للشيخ أحمد بن زين الدين «21» مخطوطة [39] .

-الشيخ علي نقي بن الشيخ أحمد الأحسائي: مخطوطة واحدة [40] .

-الشيخ محمد بن أبي جمهور الأحسائي: مخطوطة واحدة فقط [41] .

مكتبة العلامة الطباطبائي «قم المقدسة» :

وهي مكتبة أسسها العلامة السيد محمد حسين الطباطبائي صاحب تفسير الميزان «ت 1402هـ» وفيها أكثر من خمسين نسخة مخطوطة، وهي اليوم عند ذريته [42] ، وقد حوت المكتبة على عدد من المخطوطات والمؤلفات الأحسائية الهامة:

-الشيخ علي نقي بن الشيخ أحمد بن زين الدين الأحسائي: مخطوطة واحدة [43] .