وبلغ عدد الكتب الموجودة في المكتبة الظاهرية 72 ألف كتاب وما يقرب من 85 ألف مجلة مقسمة إلى أصول وفروع حسب علاقتها بذلك الاصل وهذه الاصول عبارة عن ثمانية عشر صنفا تضم 53 فرعا جميعها في الخزائن. أما قسم المخطوطات والحديث للقائمين على المكتبة فقد بلغت محتوياته 13 ألف مخطوط قديم ونادر وأقدم المخطوطات كتاب مسائل الأمام احمد بن خليل المنسوخ في عام 260 هـ. ولكن في الفترة الأخيرة مع تأسيس مكتبة الأسد بدمشق ببنائها الحديث، وإمكانياتها الكبيرة لحفظ المخطوطات والعناية بها، تم نقل معظم المخطوطات إلى مكتبة الأسد، مع أبقاء صور لها في المكتبة الظاهرية، فيها من المخطوطات الأحسائية الكثير ولكن ما نعرفه منها:

-الشيخ أحمد بن زين الدين الأحسائي: مخطوطتان [120] .

-علي بن المقرب العيوني: مخطوطة واحدة [121] .

-حسين بن محمد بن مبارك, العدساني: مخطوطتان [122] .

المكتب الإسلامي:

-مخطوطة واحدة من ديوان علي بن المقرب العيوني [123] .

الولايات المتحدة الأمريكية:

جامعة لوس انجلس بأمريكا:

«7» مخطوطات من مؤلفات الشيخ الأحسائي [124] .

مكتبة برنستون:

-علي بن المقرب العيوني: نسختان مخطوطتان من الديوان إحداهما مشروحة [125] .

-الشيخ محمد بن أبي جمهور الأحسائي: «4» مخطوطات من مؤلفاته [126] .

-الشيخ عبد الوهاب بن محمد بن عبد الله بن فيروز الأحسائي «1205هـ» :الحاشية على الروض المربع لشرح زاد المستقنع [127] .

-الشيخ احمد بن زين الدين الأحسائي «1241هـ» : «5» من مخطوطات الشيخ [128] .

مكتبة الكونجرس:

-الشيخ أحمد بن زين الدين الأحسائي: مخطوطة واحدة [129] .

المانيا:

-مكتبة برلين:

-ثلاث نسخ مخطوطة من ديوان ابن المقرب [130] .

-المكتبة الملكية «مكتبة الدولة» :

-الشيخ محمد بن علي بن أبي جمهور الأحسائي: مخطوطة من مؤلفات [131] .

-الشيخ إبراهيم بن حسن الأحسائي «1048» : مخطوطة بعنوان:"شرح الدرة البهية في نظم الاجرمية" [132] .