وقد هجر أهالي لسان واخان مدينتهم أثناء الغزو السوفيتي ولم يدافعوا عنها، كما حاول السوفييت كسب تأييد سكان بغلان التي صرح زعيم الإسماعيلية فيها سيد منصور في شريط فيديو"أن هذه الحرب في مصلحتنا 100%"، كما أنه اعترف أن له صداقة حميمة مع روسيا، ومع حكومة كابل العميلة، واعترف كذلك بتلقي مساعدات وإمدادات عسكرية من السوفييت.

وكان للأغاخان الثالث موقف معروف من استقلال باكستان، إذ أنه كان يرفض قيام دولة للمسلمين في القارة الهندية، وكان يعتبر وجودها إضعافًا لشأن المسلمين في الهند وباكستان معًا!

أما موقفه من الجامعة العربية وتصوره للوحدة الإسلامية فيرويه الدكتور محمد كامل حسين في كتاب"طائفة الإسماعيلية"إذ يقول:

"وأذكر أني كنت أتحدث إليه (أغاخان الثالث) بفندق مينا هاوس عقب إنشاء الجامعة العربية ، فأبدى لي أسفه من عدم تفكير المسؤولين في إنشاء جامعة إسلامية تضم جميع البلاد الإسلامية، للنهوض بالمستوى الثقافي والاجتماعي والاقتصادي بين شعوب المسلمين، وكان من رأيه ضرورة إنشاء الجامعة الإسلامية على شرط ألا تتدخل هذه الجامعة في الشؤون السياسية، وكان على استعداد للقيام بالدعوة لهذه الجامعة، وأن يدفع وحده عن طائفة الإسماعيلية مبلغًا يساوي جميع ما يدفعه المسلمين في العالم، إذا تحققت هذه الوحدة بين المسلمين، وتركته وأنا أفكر في أقواله عن الوحدة الإسلامية وجامعة الأمم (الدول) العربية، وتوهمت يومئذ أن الرجل ربما كان مدفوعًا من قبل الإنجليز لتحطيم الجامعة العربية".

ولما وقعت الحرب العالمية الأولى (1914ـ 1918) أوصى أغاخان أتباعه، بل جميع المسلمين، بالوقوف إلى جانب الحلفاء ونصرتهم.

فلا عجب، والحالة هذه أن تقرر السلطات البريطانية منحه إحدى عشرة طلقة مدفع سنة 1916، ومنحه كذلك رتبة فارس من الدرجة الأولى، ولقب"سير". وأن يعتبر (ضيف الأمة) في حفلة تتويج الملك إدوارد سنة 1902.