وفي سياق الميليشيات الشيعية كان لحزب الفضيلة أحد قوى الائتلاف الشيعي أيضًا ميليشياته التي كادت تدخل في احتراب مع ميليشيات فيلق بدر في مدينة الناصرية الجنوبية، بعد تنازع حزب الفضيلة والمجلس الأعلى للثورة الإسلامية على قطعة أرض كان كل طرف منهما يريد إنشاء مبنى لمستشفى عليها خاص به، وحتى الأحزاب الشيعية الصغيرة قامت بتشكيل ميليشيات لها مثل"حزب الله"، وتأتي في هذا السياق الميليشيات السنية التي تشكلت هي الأخرى إبان الاحتلال مثل ميليشيات الحزب الإسلامي وميليشيات هيئة علماء المسلمين التي تأخذ صفة حماية وحراسة المساجد، على الرغم من أن مخازن العتاد والأسلحة الصاروخية ومدافع الهاون التي اكتشفت في بعض المساجد التابعة للهيئة المذكورة، تعطي مدلولًا على أنها ميليشيات أعدت لحسابات طائفية ولا تقتصر على عناصر للحراسة وحماية المساجد ( ) . وقد اتضح دور تلك الميليشيات في المصادمات التي وقعت في منطقة الأعظمية في بغداد، وقبل ذلك عندما أطلقت تلك الميليشيات النار على المشيعين لجنازة الصحافية أطوار بهجت السامرائي، خلال مرورهم في منطقة أبو غريب في اعتقاد من عناصر تلك الميليشيات أن أفراد الشرطة والحرس الوطني الذين كانوا يرافقون موكب التشييع، جاؤوا بقصد مهاجمة منزل حارث الضاري رئيس هيئة علماء المسلمين والواقع في المنطقة المذكورة.

إن الجماعات السنية، بما فيها التي تقاوم الاحتلال، أو التي مازالت خارج الفعاليات السياسية، تندرج هي الأخرى في إطار الميليشيات، ومنها على سبيل المثال لا الحصر جيش محمد وكتائب ثورة العشرين، وكان جلال الطالباني قد صرح أخيرًا أن الأميركيين يجرون حوارًا مع ممثلين من المقاومة بحضوره، وأكد الطالباني قائلًا: أنا شخصيًا التقيت بعدد من الذين يقولون إنهم المقاومة الشريفة، وكانت اللقاءات جيدة وإنهم على استعداد للانخراط في العملية السياسية، ولهم مفاوضات مع الحكومة الأميركية.