وفي عهد الآمر بأحكام الله (ت 524هـ) ، اتخذ راهبًا يعرف بأبي نجاح بن قنا، ووكّله شيئًا من الأمور المالية، فأخذ يصادر من أموال المسلمين الشيء الكثير ... فزاد قربه من الأمر حتى لقبّه بـ"الأب القديس الرّوحاني النفيس، أبي الآباء سيد الرؤساء، مُقَدّم دين النصرانية وسيد البطريركية، ثالث عشر الحواريين"، الأمر الذي جعله يتمادى في سطوته، فكثرت إساءته للمسلمين ومصادرته للناس ( ) .

واستمر هذا الحال في تقريب اليهود والنصارى وإعلاء شأنهم حتى آخر عمر هذه الدولة، فقد كان الأفضل بن بدر الجمالي، وزير الآمر، يستخدم الموظفين النصارى بكثرة، فعيّن أبا البركات يوحنا بن أبي الليث النصراني في ديوان التحقيق، وبقي فيه حتى عام (528هـ -1134م) ، كما كان أبو الفضل المعروف بابن الأسقف، كاتب الأفضل الجمالي، والموقّع عنه في الأموال والرجال ومتولي ديوان المجلس، والنظر في جميع دواوين الاستيفاء على جميع أعمال المملكة. وتولى أبو اليمن وزير عبد المسيح، الديوان بأسفل الأرض. وأحاط الأفضل نفسه بجنود من الأرمن، وشجع على هجرتهم التي بدأت منذ مقدم والده في أيام المستنصر ( ) .

وعندما تولى الحافظ لدين الله الحكم بعد الآمر، استمر في هذا النهج، وولّى الوزارة في سنة (529هـ- 1135م) بهرام الأرمني ، ونعته بـ"السيد الأجلّ، أمير الجيوش سيف الإسلام، تاج الخلافة، ناصر الإمام، غيّاث الأنام". وبعد أن استقر بهرام في السلطة لم يتردد في تبني سياسة شخصية أرمنية مسيحية... فقد سأل الخليفة الحافظ في السماح له بإحضار أخوته وأهله من بلاد الأرمن، فأذن له في ذلك، حتى صار منهم بالديار المصرية نحو ثلاثين ألف إنسان استطالوا على المسلمين، وأصابهم منهم جور عظيم. كذلك بُني في أيامه العديد من الكنائس والأديرة حتى صار كل رئيس من الأرمن يبني له كنيسة... وخاف أهل مصر منهم أن يغيروا ملة الإسلام ( ) .