وخلال حرب الولايات المتحدة على أفغانستان, كان لإيران الدور البارز في محاربة طالبان ودعم تحالف الشمال (خليط من الشيعة والشيوعيين) المناوئ لها, والتغاضي عن التحركات الجوية الأمريكية فوق الأراضي الإيرانية, وتقديم المساعدات الطبية للجرحى الأمريكان في حال إسقاط طائراتهم فوق إيران, الأمر الذي حدا بأحد الدبلوماسيين الأوربيين في طهران التعليق على التعاون الإيراني مع المخطط الأمريكي في أفغانستان بقوله: (إنهم يتعاونون, لكنهم لا يحبون إظهار ذلك لئلا تتأثر مكانتهم في العالم الإسلامي) .

وبالإضافة إلى التخلص من طالبان, كان لإيران أهداف أخرى دينية وسياسية واقتصادية وتاريخية, لا تنفصل عن بعضها البعض.

فإيران كانت تسعى إلى تقوية نفوذ الأقلية الشيعية في أفغانستان المعروفة بالهزارة, والسعي إلى نشر المذهب الشيعي هناك, وهو الأمر الذي لم يكن متاحًا أيام طالبان, لكنه صار متاحًا في أفغانستان اليوم.

وبالرغم من تحقيق الأمنية الإيرانية بسقوط حركة طالبان, إلا أن الأماني الإيرانية لم تتوقف عند هذا الحد, فالملف الأفغاني ما يزال حاضرًا بقوة في الأدبيات الإيرانية, خاصة وأن الحكم الجديد في أفغانستان أعلى من شأن الشيعة, وتودد إلى إيران.

وفي حين أن بعض أهداف التواجد الإيراني في أفغانستان داخلية, إلا أن البعد الإقليمي أيضًا حاضر بقوة, حيث تهدف إيران إلى تقويض وتهميش جارتها السنيّة باكستان, الأمر الذي يجعل إيران تتلهف لإقامة علاقات قوية مع الهند, وهي الدولة غير المسلمة والمعادية للمسلمين, وفي نفس الوقت العدو اللدود لباكستان. والطريق الإيراني لإقامة حلف مع الهند والوصول إلى جمهوريات آسيا الوسطى يمر عبر أفغانستان.