على أن رفسنجاني يسعى إلى تهذيب المبدأ والتقليل من صلاحية (ولاية الفقه) وليس إلغاء الكل وإلى جانب العلماء فإن رفسنجاني يعيش صراعا مريرا مع النخب السياسية للجيل الثالث ومن أبرزهم الرئيس أحمدي نجاد الذي اشتدت معه حدة المواجهات على خلفية انتقاد الشيخ هاشمي رفسنجاني أحمدي نجاد أكثر من مرة تارة من على منبر الجمعة في طهران وتارة أخرى من خلال اللقاءات مع المسؤولين بسبب عملية العزل والتطهير بحق أنصار رفسنجاني وخاتمي.

وقال رفسنجاني أخيرًا من على من منبر الجمعة، أن تلك الأساليب والأعمال تمثل (ايدز النظام) أي بمعنى (حقن السم في جسد النظام) وقال: لا ينبغي أن تذهب تلك القدرات والكوادر المهمة للثورة ضحية شعار حزبي للحكومة ولا ينبغي تطيهرها من وظائفها. إن الإمام الخميني لم ينظر إلى الأمور في بداية الثورة بهذا المنظار، وربط رفسنجاني عمليات التطهير للرئيس نجاد بأنها تتطابق مع أجندة العدو حيث قال (إن العدو يسعى إلى بذر التفرقة بين الشعب وإن تلك الأساليب يتطلع إليها الأعداء وينبغي الوقوف ضدها وعدم السماح لها) .

وكانت حكومة نجاد قد قامت بعمليات لعزل المحافظين السابقين ومسؤولين في البنوك والمناصب الحساسة وكان الأفراد قد شغلوا تلك المناصب منذ عهد رفسنجاني، ويطمح الرئيس نجاد إلى عزل المسؤولين كافة الذين مضت عليهم فترة طويلة والذين لا يؤمنون بنهجه.

وكانت شائعات قد سرت بأن البرلمان ينوي طرح مشروع لاستجواب وزير الداخلية بسبب عزله لأنصار خاتمي ورفسنجاني من مناصب المحافظات والأقضية، كما انتقد رفسنجاني الأوضاع السياسية.