إذًا، يبحث الباب الثالث في الفصل الأول المشكلات التي أثارها المتغربون بين الدين والعلم من جهة العلاقة، مثل:"العلمنة"و"التعارض"و"الكفاية", بينما يبحث الفصل الثاني المشكلات التي أثارها المتغربون بين الدين والعلم من جهة دعوى التصور العلمي للدين، مثل"التطورية"و"النفسية"و"الاجتماعية".