فعظم إعجاب الدارسين بالمنهج العلمي الذي درج عليه في تحقيق دلالات القرآن والإفصاح عن معانيه بصورة محكمة مبينة متينة الأسس واضحة المعالم بحيث يتتبع مطالعة ألفاظ القرآن: كلمة كلمة ، وآية آية ، فيجد من بيان الطبري ما يلقي على كل ما يمر به من ذلك أنوارًا تحصل له المعاني ، وتبسط أمامه طرائق استفادتها وتوقفه على تفرع المسالك التي طرقها مستفيدوها من قبل وعلى ما يتسلط على ذلك من النقود والأحكام الفاصلة ، فكان التفسير على يده قد اصطبغ صبغة جديدة بحق ، لعلها هي التي سمحت له أن يختار ، للدلالة على صنيعه ، كلمة ما كان يختارها متعاطو التفسير من قبله وهي كلمة"التأويل".فسمى تفسيره باسم"جامع البيان عن تأويل القرآن"والتزم كلمة التأويل في ترجمة كل فصل من فصوله من المقدمات الواسعة المبسوطة إلى كلامه في تأويل الاستعاذة ثم تأويل البسملة ، إلى فيوض بياناته على الآيات معنونًا كلًا منها على طريقة ملتزمة مطردة بقوله:"القول في تأويل قوله تعالى كذا".