فقضى في تلك الساعة -رحمة الله عليه-.
قال الحافظ أبو بكر الخطيب في (( تاريخه ) )، أنا علي بن أبي حامد الأصبهاني في كتابه، ثنا محمد بن محمد بن مكي الجرجاني: سمعت عبد الواحد بن آدم الطواويسي قال: رأيت النبي صلى الله عليه وسلم في النوم، ومعه جماعةٌ من أصحابه، وهو واقف في موضع ذكره فسلمت عليه، فرد السلام، فقلت: ما وقوفك يا رسول الله؟ فقال: أنتظر محمد بن إسماعيل البخاري. قال: فلما كان بعد أيام بلغني موته، فنظرنا فإذا هو قد مات في الساعة التي رأيت النبي صلى الله عليه وسلم فيها.
كانت وفاته -رحمه الله- فيما قاله أبو أحمد بن عدي، وسمعت الحسن بن الحسين البزاز البخاري يقول: توفي محمد بن إسماعيل البخاري ليلة السبت عند صلاة العشاء، ليلة الفطر، ودفن يوم الفطر بعد صلاة الظهر، يوم السبت مستهل شوال من شهور سنة ست وخمسين ومائتين، عاش اثنتين وستين سنة إلا ثلاثة عشر يومًا -رحمه الله-.
وبلغنا: أنه لما دفن علت سوار بيض في السماء مستطيلةٌ بحذاء قبره، وجعل الناس يختلفون إليه ويتعجبون من أمره، ولم تزل الرائحة الطيبة تظهر