كانت تسيطر عليها جماعة أنصار الإسلام وبعد إحتلال العراق انتقل إلى مناطق أخرى في العراق. وقد رصدت قوات الإحتلال 25 مليون دولار لمن يدلي بمعلومات تقود إلى إعتقاله. وكشف الزرقاوي عن وجهه لأول مرة في تسجيل مصور في 26 - 4 - 2006، وفي 8 - 6 - 2006 اعلن مقتل الزرقاوي وسبعة من معاونيه في غارة جوية أمريكية على منزل ببلدة هبهب في شمال مدينة بعقوبة بمحافظة ديالى.وبعد ايام تم تعيين ابي حمزة المهاجر اميرا للتنظيم ، وقد اعلن التنظيم عن بعض قياداته بعد إستشهادهم ضمن سلسلة ( سير إعلام الشهداء التي يعدها ابو اسماعيل المهاجر ومنهم أبوأنس الشامي، المسؤول الشرعي في التنظيم ) وتصدر بيانات التنظيم باسم أبي ميسرة العراقي مسؤول القسم الإعلامي في التنظيم ويبدو انه اسم لعدة اشخاص تولوا هذا المنصب اذ اعلن عن إستشهاد بعضهم.

الأهداف والمواقف: لا يتقيد التنظيم بهدف تحرير العراق بل إنه يعد المعركة (في العراق) امتدادا للحرب الجهادية العالمية ضد"أمريكا الصليبية"والأنظمة العربية الحليفة لها كما انه امتداد لتنظيم القاعدة العالمي ، كما انه يرفض العملية السياسية مطلقًا، ويعتبر أن كل من يتعامل مع الإحتلال"خائن ومرتد"، ويحق بذلك إستهدافه، ولهذا يعتبر كل من يشارك في الحكومة، وقوات الجيش والشرطة والمخابرات، أهدافًا مشروعة، واخيرا اعلن انضمامه الى دولة العراق الإسلامية التي اعلنها مجلس شورى المجاهدين .

النشاطات ( الموقع والنوعية) : تركز نشاطه في مناطق غرب العراق، ولاسيما في محافظة الأنبار (ومركزها الرمادي) ، وعقب معركة الفلوجة الثانية في تشرين الثاني 2004 انتشر إلى المحافظات كافة وبابل وواسط وله عمليات في جنوب العراق.

واشتهر بعمليات التفجير بإستخدام السيارات المفخخة والعمليات الإستشهادية والإغتيال والاشتباكات وتشكيله فيلق عمر مستهدفا فيلق بدر والمليشيات .

-واشهر التفجيرات التي قام بها، تفجير السفارة الأردنية في بغداد خلال شهر آب 2003، وتفجير مقر الأمم المتحدة في بغداد يوم 19 آب 2003، الذي قتل فيه 22 شخصًا منهم ممثل الأمم المتحدة في العراق سيرجيو دي ميلو، والتفجير في النجف في 29 آب 2003، والذي قتل فيه 83 شخصًا منهم محمد باقر الحكيم، رئيس المجلس الإعلى للثورة الإسلامية في العراق ، وتفجير مقر القوات الإيطالية بمدينة الناصرية في 12 تشرين الثاني 2003، أدى إلى مقتل 19 عسكريًا إيطاليًا و9 عراقيين، تفجيرات فنادق العاصمة الاردنية عمان.