أما على مستوى الأقليات الإسلامية؛ فقد عمل الدكتور الكتاني على تجديد الدعوة الإسلامية في العالم غير الإسلامي، حيث ابتدأ اعتناؤه بها منذ دخوله الجامعة بلوزان ثم الولايات المتحدة، وبها أسس عدة مراكز إسلامية، ثم عند مقامه بالمملكة العربية السعودية قام بإعطاء النصائح لرابطة العالم الإسلامي في مكة المكرمة لكي تقوم بمسح عام للأقليات الإسلامية بالعالم يتبعه مساندة علمية مدروسة لهذه الأقليات، وكان أول ما صنفه كتاب: المسلمون في المعسكر الشيوعي.

ثم قام عام 1393 - 1973 بجرد عام للمسلمين في أوروبا وأمريكا باسم رابطة العالم الإسلامي، وفلسف لعلم الأقليات الإسلامية في عدة من كتبه؛ أهمها: المسلمون في أوروبا وأمريكا في مجلدين، والأقليات الإسلامية في العالم اليوم. باللغة الإنجليزيةMuslim Minorities in The World Today وآخر مختصر باللغة العربية، وكلا الكتابين يعتبر أهم مرجع في بابهما لا يستغني عنهما باحث في الأقليات الإسلامية، بل الكتاب الثاني يدرس في عدة جامعات ومعاهد إسلامية عالمية؛كالجامعة الإسلامية بباكستان، والمراكز الإسلامية في أمريكا وأستراليا.كما أنجز بالتعاون مع الأستاذ أحمد مختار امبو: موسوعة الأقليات الإسلامية في العالم في عدة مجلدات. باللغات العربية والإنجليزية والفرنسية، علاوة على عشرات الأبحاث والمؤلفات التي ألفها في هذا المجال.