وفي عام 281هـ أمر الخليفة المعتضد بضم دار الندوة إلى المسجد، وأن يعمر المسجد بالأساطين والطاقات والأروقة المسقفة بالساج المزخرف كما فتح في جدار المسجد اثني عشر بابًا بعقود ستة كبار، وبينهم ست صغار، وبنى منارة.

وفي عام 306هـ أمر الخليفة جعفر المقتدر أن تضم دارا زبيدة زوجة هارون الرشيد إلى مساحة المسجد، وبهذه الزيادة انتهت مساحة المسجد إلى ما يعرف في أيامنا الحاضرة بصحن الطواف الحالي.

وفي عام 736 هـ تم بأمر الناصر محمد بن قلاوون تعمير الأساطين التي حول المطاف في المسجد، فجعل بعضها من حجارة منحوتة بدقة، وبعضها من الأجر المجصص، ووضع بين كل أسطوانتين عارضة من الخشب لتعلق فيها القناديل.

وفي عام 802هـ حدث بأحد رباطات المسجد حريق دمرّ بعض سقف المسجد وأروقته، فتم تغيير الأسطوانات القديمة واستبدلت بأخرى جديدة من جبال مكة.

ثم لما جاء العثمانيون تعاقب خلفاؤهم على ترميم المسجد الحرام والعناية به.

ففي عام 979هـ أمر السلطان سليم ببناء المسجد بكامله بناءً محكمًا، وأن يجعل سقف جميعه قبابًا عوضًا عن الأخشاب، وقد استكمل هذا العمل السطان مراد الثالث، وفي عام 1003هـ أمر السلطان بجعل حجارة المطاف من المرمر.

وفي عام 1039هـ أمر السلطان مراد الرابع بإعادة بناء المسجد من جديد بعد تأثره بمطر وسيول شديدة. وفي عام 1259هـ أهدت والدة السلطان عبد الحميد الثاني للمسجد الحرام سته أعمدة، في رأس كل عمود نخلة من معدن أصفر تناط بفروعها المدلاة ستة قناديل وقد وزعت في أنحاء المسجد.…

وفي عام 1266هـ، وبأمر من السلطان عبد المجيد الثاني أجريت إصلاحات عامة في المسحد، ورصفت الردهة الداخلية لباب السلام بالمرمر.

وفي عام 1301هـ أزيل الحاجز الذي كان يفصل بين الرجال والنساء أثناء الصلاة.