وفي عام 1388 في عهد الملك فيصل بن عبدالعزيز رحمه الله جدد بناء مسجد قباء تجديدًا قيمًا وبخاصة في جدرانه الخارجية، وزيد فيه رواق من ناحيته الشمالية الموالية للمدينة المنورة مع مدخل خاص للنساء، وأدخلت المئذنةفي نطاق المسجد بعدأن كانتمنفصلة عنه في الركن الشمالي الغربي ، وقد كلف ذلك التجديد قرابة 800 ألف ريال، فأصبح بعد ذلك مربع الشكل، طوله وعرضه 40مترا.

هذا وقد تم إعادة بناء مسجد قباء أخيرًا عام 1410هـ في عهد الملك فهد بن عبد العزيز جزاه الله خيرا وروعي في البناء الجديد ان يكون قريبا من تصميمه القديم فبني على شكل رواق جنوبي وآخر شمالي تفصل بينهما ساحة مكشوفة، ويتصل الرواقان شرقا وغربا برواقين طويلين . وابقي على المنبر والمحراب والمعالم القديمة بعد تجديدها .

وفي هذه الإعادة الأخيرة للبناء ضوعفت مساحة مسجد قباء خمسة أضعاف المساحة السبقة ليصبح (6000م2) تستوعب (9000) مصل في وقت واحد ، كما ألحقت به ساحات خارجية لاتقل عن (4100م2) وشرفة لصلاة النساء مساحتها (750م2) تتسع ل (1000) مصلية ، وفوق بنائه الضخم ترتفع ست قباب كبيرة تحف بها قباب صغيرة عددها (56) قبة. بينما تشمخ في أركانه الأربع منارات أربع متطابقة مع بعض طول كا منها (47) مترا ، وتحت المنارتين من الناحية الشمالية سردابان ... وفي داخل بيت الصلاة الضخم استخدم الرخام للأرضية والحوائط حتى أفريز الجدار ، كما فرشت حميع القبب والعمدان بالرخام حتى الرواسخ المتدلية من الأقواس ، وكذلك زينت القباب وزخرفت بمواد من الجبس على شكل قطع وشرائح.

وأضيف للمسجد خزان ماء أرضي ضخم سعيه (1000م3) من الماء مع خزان علوي يسع (270م3) ، وأضيف كذلك نظام تكييف للهواء.

ووسط المسجد مكشوف تحيط به أروقة واسعة من الجهات الثلاث ، وله مداخل واسعة تؤدي إليها.