ونظرا لأن الكتان غني بالدهون والمواد الهلامية فإنه يشكل علاجا جيدا لكثير من المشكلات المعوية والصدرية لا سيما عندما تؤخذ البذور كاملة داخليا فإنها تلطف التهيج في القناة الهضمية وتمتص السوائل وتنتفخ حيث تشكل كتلة هلامية تعمل كملين كتلي فعال وتستعمل بذور الكتان للامساك وقرحة المعدة والاثني عشر وحصوات والتهابات الجهاز البولي حيث يشرب مغليا مكونا من ملعقة كبيرة من مجروش البذور تضاف الى ملء كوب ماء مغلٍ وتترك لمدة 10دقائق ثم تحرك جيدًا وتشرب كاملة بما في ذلك مجروش البذور وذلك بمعدل مرة في الصباح ومرة في المساء.

اما علاج القروح وتيفوئيد الامعاء والحصوات المرارية ونوبات المغص فيستعمل زيت بذر الكتان بمعدل ملعقة صغيرة ثلاث مرات في اليوم.

وتستعمل لبخات بذر الكتان الساخنة لقروح الجلد والتهابات الغدة النكفية بمعدل مرتين يوميا. اما علاج الحروق فيستخدم زيت بذر الكتان كدهان موضعي على الحروق.

وقد صرح الدستور الالماني باستخدام بذور الكتان كعلاج للامساك وكذلك لعلاج التهابات الجلد ويستعمل الكتان ضد حساسية القولون وكذلك ضد التهابات المثانة بحيث يؤخذ ملء ملعقة من مجروش البذور وتغلى لمدة ثلاث دقائق مع ملء كوب ماء وتبرد وتشرب كاملة مرة واحدة في اليوم، وتستخدم بذرة واحدة بعد ترطيبها وتوضع تحت مقلة العين حيث تقوم على تجميع الشوائب والمواد الغريبة في العين.

لقد اثبتت الدراسات الاخيرة ان بذور الكتان تخفض مصل الكوليسترول.