? أعلى سلطة في المنظمة هي المؤتمر الوزاري (Ministerial Conferecnce ) والذي يمثله وزراء التجارة والاقتصاد في الدول الأعضاء ، ويختص هذا المؤتمر باتخاذ القرارات الحاسمة للمنظمة وينعقد كل سنتين ، ويعمل كحكومة للعالم في مجال التجارة .

? للمنظمة مجلس عام أو مجلس عمومي (General Council ) يقوم مقام المؤتمر الوزاري في فترات عدم انعقاده ، وأمانة عامة (سكرتارية) ، ومدير عام ، وله أربعة نواب ، يتفرع من المجلس العام ثلاثة مجالس رئيسية ، وهي مجلس التجارة في السلع ، ومجلس التجارة في الخدمات ، ومجلس خاص بالأمور التجارية المتعلقة بحقوق الملكية الفكرية ، ويتبع لهذه المجالس العديد من اللجان ومجموعات العمل .

? يجتمع المجلس العام على هيئتين: هيئة جهاز لمراجعة السياسات التجارية ومتابعة المراجعات العادية للسياسات التجارية لكل دولة ، وهيئة جهاز لفض المنازعات التجارية ومتابعة إجراءات حسم المنازعات ، و تؤكد المنظمة على أهمية الحلول الودية بين الدول في المنازعات التجارية ، ولذلك فإن ما يقارب ثلثي القضايا المرفوعة للمنظمة تحل وديًا .

? عقدت المنظمة حتى تاريخه ستة مؤتمرات وزارية الأول في سنغافورة (1996م) ، والثاني في جنيف (1998م) والثالث في سياتل (1999م) والرابع في الدوحة (2001م) والخامس في كانكون بالمكسيك ( 2003م ) والسادس في هونج كونج 2005 م ، ويعتبر المؤتمر الوزاري الثالث في سياتل ( 1999م ) ، والمؤتمر الوزاري الخامس ( كانكون 2003م ) من المؤتمرات الفاشلة للمنظمة ، ولم يتم خلالهما اتخاذ أي قرارات حاسمة ، وكان السبب الرئيسي في ذلك تكتل الدول النامية وتنسيق مواقفها أمام تعنت وممارسات الدول المتقدمة ، ورفضها تقديم أي تنازلات في الكثير من القضايا التي تهم الدول النامية .