كذلك قاموا باعتقال أفاضل العلماء البارزين من أهل السنة والجماعة ومنهم: الشيخ العلامة أحمد مفتي زادة , وهو من محافظة كردستان وذلك لجريمة مطالبته لحقوق أهل السنة المهضومة هناك في إيران.

والشيخ الدكتور أحمد ميرين البلوشي لكونه أنهى دراسته من المرحلة الابتدائية إلى مرحلة الدكتوراة في الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة , باسم أنه وهابي ينشر فكر الوهابية! ولما لوحظ من قبلهم نشاط الدعوة وبيان العقيدة الصحيحة السنية أعتقل في أشد السجون الشيعية , وقبل فترة حكموا عليه بالسجن المؤبد مدى الحياة ثم قتلوه بعد خروجه من السجن.

وكذلك من شيوخ السنة الذين اعتقلتهم الحكومة الإيرانية الشيخ محيي الدين من عاصمة خراسان حيث أعتقل قبل سنوات دون أن يقدم إلى المحكمة أو توجه إليه تهمه , إلا أنه كان يرأس مدرسة دينية في خراسان وتأخذه الغيرة على اعتقادات أهل السنة عندها اتهمته الدولة بالوهابية وأنه يريد الفرقة بين الشيعة والسنة وبعد سنتين في سجون الآيات نفوه إلى محافظة أصفهان ليسجن فيها 7 سنوات حتى أضطر في النهاية للهجرة إلى باكستان بلوشستان فرارًا بدينه.

أما الأستاذ إبراهيم صفي زاده , خريج جامعة الإمام محمد أبن سعود الإسلامية بالرياض , دولة التوحيد فقد اتهموه بأنه وهابي , وضربوه 70 جلدة في وسط السوق أمام الشيعة وأدخلوه في السجن وحكموا عليه بـ 7 سنوات.

أما الشيخ نظر محمد البلوشي , والذي كان عضوًا في البرلمان الإيراني ومندوبًا لإحدى مناطق بلوشستان الإيرانية , فقد تعرض لأشد أنواع التعذيب في سجون الخميني وأخذ منه اعترافًا زورًا وجبرًا بأنه جاسوس من قبل العراق وإسرائيل , يعمل لهم في إيران ورغم أنه عالم من العلماء البارزين لأهل السنة والمعروف لدى الناس هناك وقد كان يعيش تحت الحراسة المشددة وممنوع من الخروج إلى بلاد أخرى إلى أن توفي رحمة الله عليه.