وقد أصيب العلامة إحسان إلهي ظهير، إصابات بالغة في العين اليسرى والرقبة، والصدر والذراعين، وعلى إثر ذلك طلب سماحة الإمام العلامة، عبد العزيز بن باز رحمه الله تعالى، من خادم الحرمين الشريفين، بأن يُعالج في مستشفيات الرياض، فأمر الملك بنقله من باكستان إلى الرياض، ولكن وافته المنية قبل أن يُكمل علاجه فغُسل هناك، وصلى عليه جمع كثير من أهله وطلابه ومحبيه، وعلى رأسهم سماحة الإمام العلامة عبد العزيز بن باز حيث صلى عليه، فسُمِعَ البكاء والنشيج من الناس حزنًا على هذا المجاهد الكبير.

ثم نقل جثمانه الطاهر بعد ذلك بالطائرة إلى المدينة المنورة، حيث دفن في مقبرة البقيع، مع الذين كان يذُبُّ عنهم، ويدافع عنهم، وهم أصحاب رسول الله صلى الله عليه وسلم وأمهاتِ المؤمنين وآلُ البيت رضي الله عنهم أجمعين ورحم الله العلامة إحسان إلهي ظهير.

إغتيال علماء السنة في إيران بعد الثورة الخمينية:

ومنهم العلامة السيد بهمن شكوري الذي كان معلمًا في زمن الشاه، ثم سجن خلال عهد الشاه كثيرًا، ومُنع من التدريس قرابة عشر سنوات، وقد كان رحمه الله تعالى يتنقل بين السجن وخارجه، حتى قُتل بعد الثورة الخمينية بسنتين تقريبًا، وهو صائم في سجن إوين، والذي يُعد من أشرس السجون السياسية، في بلاد الشيعة، حيث كانت تهمته وجريمته رحمه الله، أنه كان يحذر، من تعظيم وتقديس، المزارات والمشاهد لأئمة الشيعة.