المجالس المتخصصة واجهزتها الفرعية:- وتضم ثلاثة مجالس رئيسة تعمل تحت اشراف المجلس العام ، ويحق لاية دولة عضو ان تكون عضوا فيها ، ويضطلع كل منها بالاشراف على شؤون واحدة من الاتفاقيات الرئيسة الثلاث ، الاول:- مجلس شؤون التجارة في السلع ، وهو المسؤول عن الاشراف على المهام المقررة في اتفاقية الجات (الخاصة بتجارة السلع او البضائع) والاتفاقيات والتفاهمات المرفقة بها ، والثاني:- مجلس شؤون التجارة في الخدمات وهو المسؤول عن الاشراف على المهام المقررة في اتفاقية الجاتس ( الخاصة بالخدمات الدولية) والاتفاقيات والتفاهمات المرفقة بها ، والثالث:- مجلس شؤون الجوانب المتصلة بالتجارة من حقوق الملكية الفكرية ( مجلس الملكية الفكرية ) ، وهو المسؤول عن الاشراف على المهام المقررة في اتفاقية تربس (الخاصة بشؤون الملكية الفكرية) . ولهذه المجالس الثلاثة حق انشاء اجهزة فرعية عند الضرورة .
اللجان الفرعية:- اناطت اتفاقية انشاء منظمة التجارة العالمية بالمؤتمر الوزاري صلاحية انشاء لجنة للتجارة والتنمية ولجنة لقيود وميزان المدفوعات ولجنة للميزانية والادارة واية لجان متخصصة للاغراض التي يراها مناسبة ، وتتولى هذه اللجان المهام المقررة لها بموجب الاتفاقيات متعددة الاطراف واية مهام يعهد اليها بها المجلس العام .
الامانة العامة ( المدير العام والسكرتاريا ) :- حيث يراس مدير عام يعينه المؤتمر الوزاري الامانة العامة للمنظمة المكونة من عدد من الموظفين الذين يعينهم المدير العام للمنظمة ، ويتمتع المدير العام وموظفي الامانة العامة بصفة الموظفين الدوليين .