مصر مع بن أبي حذيفة خلفه فسار إليهم في عسكر كثيف فخرج إليهم بن أبي حذيفة في أهل مصر فمنعوه من دخول الفسطاط فأرسل إليهم إنا لا نريد قتال أحد وإنما نطلب قتلة عثمان فدار الكلام بينهم في الموادعة واستخلف بن أبي حذيفة على مصر الحكم بن الصلت بن مخرمة بن المطلب بن عبد مناف وخرج مع جماعة منهم عبد الرحمن بن عديس وكنانة بن بشر وأبو شمر بن أبرهة بن الصباح فلما بلغوا به غدر بهم عسكر معاوية وسجنوهم إلى أن قتلوا بعد ذلك وذكر أبو أحمد الحاكم أن محمدا بن أبي حذيفة لما ضبط مصر وأراد معاوية الخروج إلى صفين بدأ بمصر أولا فقاتله محمد بن أبي حذيفة بالعريش إلى أن تصالحا وطلب منه معاوية ناسا يكونون تحت يده رهنا ليأمن جانبهم إذا خرج إلى صفين فأخرج محمد رهنا عدتهم ثلاثون نفسا فأحيط بهم وهو فيهم فسجنوا وقال أبو أحمد الحاكم خدع معاوية محمد بن أبي حذيفة حتى خرج إلى العريش في ثلاثين نفسا فحاصره ونصب عليه المنجنيق حتى نزل على صلح فحبس ثم قتل وأخرج بن عائذ من طريق بن لهيعة عن يزيد بن حبيب قال فرقهم معاوية بصفين فسجن بن أبي حذيفة ومن معه في سجن دمشق وسجن بن عديس والباقين في سجن بعلبك وأخرج يعقوب بن سفيان في تاريخه من طريق بن المبارك عن حرملة بن عمران عن عبد العزيز بن عبد الملك السليحي حدثني أبي قال كنت مع عقبة بن عامر قريبا من المنبر فخرج بن أبي حذيفة فحطب الناس ثم قرأ عليهم سورة وكان قارئا فقال عقبة صدق رسول الله صلى الله عليه و سلم ليقرأن القرآن ناس لا يجاوز تراقيهم فسمعه بن أبي حذيفة فقال إن كنت صادقا إنك لمتهم وأخرج البغوي من طريق الليث عن يزيد بن أبي حبيب قال كان رجال من الصحابة يحدثون أن النبي صلى الله عليه و سلم قال يقتل بجبل الخليل والقطران من أصحابي أو من أمتي ناس فكان أولئك النفر الذين قتلوا مع محمد بن أبي حذيفة هناك ورواه أبو عمر الكندي من وجه آخر عن الليث قال قال محمد بن أبي حذيفة هذه الليلة التي قتل فيها عثمان فإن يكن القصاص بعثمان فسيقتل في غد فقتل في الغد وذكر خليفة بن خياط في تاريخه أن عليا لما ولي الخلافة أقر محمد بن أبي حذيفة على إمرة مصر ثم ولاها محمد بن أبي بكر واختلف في وفاته فقال بن قتيبة قتله رشدين مولى معاوية وقال بن الكلبي قتله مالك بن هبيرة السكوني