والأكثر أهميّة، أنه لا يتم شرح المداخل من وجهة نظر إسلامية عامة أو تقليدية أو كما يفهمها أكثر المسلمين المعاصرين اليوم، بل تُشرحُ طبقًا لوجهات نظر الأصولية الإسلامية. وهكذا، عندما توضح الموسوعة مفاهيم الفلسفة أو الغرب أو الشريعة الإسلامية أو الشورى أو الجهاد، فهذه وجهات نظر الأصولية، وليست الرؤية التقليدية أو الإصلاحية الدينية والثقافية والسياسية، مع عدم وجود أي محاولة لمقارنة اختلاف وجهات نظر الأصولية عن تلك التقليدية، وتتركز الشروحات في هذه الموسوعة على أهداف وتبريرات وتطوّرات الإيديولوجيات الأصولية الإسلامية بالإضافة إلى إعادة تفسير الأصوليين للعديد من الأفكار كالحرية أو الأعمال كالثورة، لذا، تغطّي الموسوعة كلّ الأفكار والمبادئ والمجالات التي تميّز الأصولية الإسلامية عن الأطروحات الإسلامية الحديثة الأخرى مثل الإصلاحية والتحديثية.

علاوةً على ذلك، يمكن اعتبار بعض المداخل غير"أصولية"تمامًا لكنها مشمولة في الموسوعة بسبب صلتها بالأصولية الإسلامية أو أهميتها. مثل هذه المداخل تتضمّن، على سبيل المثال، نصر حامد أبو زيد وسلمان رشدي. بعض المداخل الأخرى لا تتعلّق بالبلدان العربية أو إيران أو تركيا لكنها مشمولة في الموسوعة بسبب تأثيرها في حركات الأصولية الإسلامية في هذه البلدان، مثل هذه المداخل تتضمّن، على سبيل المثال، أبو الأعلى المودودي، المفكّر والناشط الأصولي الباكستاني البارز.

إن جميع المداخل مرتبة حسب الأبجدية العربية، ولا تدخل أل التعريف في هذا الترتيب. على سبيل المثال، للبحث عن جمال الدين الأفغاني، يجب أن يُبحث عن الاسم تحت ( أفغاني) بحسب الترتيب الهجائي. كما أن قائمة المراجع قسمت إلى قائمة للمراجع العربية، وأخرى للمراجع الأجنبية واعتمد في القائمتين الترتيب الهجائي تيسيرًا للطلب.