الجزء الرابع (طب) ويشمل 10 مخطوطات منها:

* الأزرقي اليمني الزبيدي: كتاب الطب ـ 434.

* أحمد الدمنهوري: منتهى التصريح بمضمون القول الصريح في علم التشريح ـ 436.

الجزء الخامس (فلك) ويشمل 16 مخطوطا منها:

* أبو القاسم الصوفي: كتاب الزيج في علم الفلك ـ 441.

الجزء السادس (علوم) ويشمل 7 مخطوطات منها:

* أبو العباس أحمد بن عبد الله المعروف بابن البنا كتاب الجبر والمقابلة ـ 457.

* عثمان بن محمد المرعي: شرح القواعد الوضاحة في علم المساحة ـ 458.

الجزء السابع (العلوم الروحانية) ويشمل 15 مخطوطا منها:

* كامل الدين أبو سالم محمد بن طلحة البسطاني: الدرر المنظم في السّر الأعظم ـ 472.

الجزء الثامن (الكيمياء) ويشمل 8 مخطوطات منها:

* أبو نصر محمد بن طرخان الفارابي الفيلسوف: كتاب في علم المزاج ـ 484.

الجزء التاسع (الدارسات القرآنية) ويشمل 19 مخطوطا منها:

* السيوطي: الإتقان في علوم القرآن ـ 488.

* أبو إسحاق أحمد بن إبراهيم الثعالبي النيسابوري: الكشف والبيان في تفسير القرآن ـ 489.

* محمد بن أحمد على الوليد القرشي: البرهان في علوم القرآن من الغريب والإعراب والتفسير والأحكام والناسخ والمنسوخ والاشتقاق من ... ، والوقف وأعداد الآي ـ 493.