ومن المسائل التي خالف فيها سيبويه مسألة «رافع المبتدأ» ، حيث يرى أن الرافع في المبتدأ هو التعري، أي: تعريه عن العوامل اللفظية، على حين يرى سيبويه أن رافع المبتدأ هو الابتداء، والخبر مرفوع بالمبتدأ.

بل إنه اختار ـ أحيانا ـ مذهب الكوفيين، كما في مسألة «الفصل بين المضاف والمضاف إليه» ، حيث أجاز الكوفيون الفصل، أما البصريون فلم يجيزوا ذلك إلا للضرورة.

يتضح لنا أن ابن عصفور بصري النزعة، لكنه ليس تابعا للبصريين في كل الأحيان، بل إنه أحيانا يخالفهم، وأحيانا أخرى يلجأ إلى مذهب الكوفيين يجريه على المسألة محل النقاش، وأحيانا ثالثة يجتهد رأيه في المسألة.