أولًا: سقوط بعض الكلمات القرآنية من المعجم، كما حدث مع كلمة"الموتى"التي وردت في القرآن الكريم سبع عشرة مرة، وليس لها وجود تحت الجذر (م وت) ، في حين وردت كلمة"أموات"و"ميتون" (2/1065،1066) . وكما حدث مع كلمة"نَزْلَة"التي لم ترد تحت الجذر (ن ز ل) مع ورودها في قوله تعالى: {وَلَقَدْ رَآهُ نَزْلَةً أُخْرَى} (النجم: 13) .

ثانيًا: حدوث خطأ في بعض الجذور، كوضعه الفعل تتجافى تحت الجذر (ج ف ا) وصحته: (ج ف و) .

ثالثًا: حدوث أخطاء طباعية تتمثل في سقوط الجذر (هـ م ر) ، ووضع كلمة"منهمر"تحت الجذر السابق (هـ م د) ، وفي ذكر أرقام الآيات خطأ، كما في كلمة"راعنا"التي ذكر تحتها 146/النساء، وصحتها: 46/النساء، وحرف النداء"يا"الذي اقتبس المعجم له الآية {يَا أَيُّهَا النَّاسُ اعْبُدُوا رَبَّكُمُ} وذكر أنها وردت في البقرة 51، والصواب: البقرة21، وغير ذلك.

رابعًا: قصور الشرح، كما حدث مع كلمة"جحيم"التي اقتصر المعجم على أحد معانيها في القرآن، وهو اسم من أسماء جهنم، وترك المعنى الثاني، وهو النار المؤججة الشديدة الاتقاد، كما في قوله تعالى: {قَالُوا ابْنُوا لَهُ بُنْيَانًا فَأَلْقُوهُ فِي الْجَحِيمِ} (الصافات: 97) .

خامسًا: نقص الإحصاء، كما ورد في مادة"الذوق"، حين قال المعجم: إن اللفظ قد استعمل على الحقيقة بمعنى إدراك الطعام بالفم في آية واحدة هي: {ذَاقَا الشَّجَرَةَ} (الأعراف: 22) ، وقد فات المعجم آية ثانية في سورة"النبأ"، وهي: {لا يَذُوقُونَ فِيهَا بَرْدًا وَلا شَرَابًا} (النبأ: 24) .

سادسًا: سوء توزيع الآيات القرآنية على معاني الكلمة القرآنية حين تتعدد، كما حدث مع قوله تعالى: {أَنْ تُفْسِدُوا فِي الْأَرْضِ وَتُقَطِّعُوا أَرْحَامَكُمْ}