متعلقة بعدة علوم كالحديث والفقه والطب والفلك والتصوف والتاريخ والأدب والأنساب .. ونظرا لأهميتها العلمية، فالأمل كبيرا أن يقوم بتحقيق المخطوط المتبقى منها الباحثون كل في مجال تخصه ..

ومن بين الكتب المخطوطة للعلامة عبد الرحمن الفاسي والتي تدل على موسوعيته وعلو همته نذكر: ابتهاج الأرواح بنظم كتاب الاقتراح للسيوطي"يجهل مصيره"، و"ابتهاج البصائر فيمن قرأ على الشيخ عبد القادر"يجهل مصيره، وابتهاج القلوب بخير الشيخ أبي المحاسن وشيخه المجذوب مخطوط بعدة خزائن، منها نسخة بالخزانة الحسنية تحت رقم 2627. وبخصوص هذا المخطوط فقد قامت بتحقيقه الباحثة حفيظة الدازي، وناقشته في إطار دبلوم الدراسات العليا في كلية الآداب بالرباط يوم 17/ 12/1992."والإتحاف في اختصار الأرداف"يجهل مصيره، و"الأحكام في علم الكلام"يجهل مصيره"، و"اختصار أرجوزة ابن سينا في الطب"يجهل مصيره، و"اختصار السلك في المنطق"يجهل مصيره، و"أزهار البستان في مناقب الشيخ أبي محمد عبد الرحمان"، مخطوط بالخزانة العامة تحت رقم: د. 2074/ 1، ترجم فيه لأخ جده الثاني أبي المحاسن يوسف، وله:"الاصطلاح في علاج العرض الهام"يجهل مصيره، وله:"الانتخاب في عمل الأسطرلاب"، وله:"برقات المعاني في أوقات الأيام والليالي"يجهل مصيره، و"تحفة الطلاب في عمل الأسطرلاب"، وله:"تفسير الأعشاب"يجهل مصيره، وله:"تقييد في التعريف بالشيخ محمد فتحا بن عبد الله معن". سماه عبد السلام بن سودة في دليل مؤرخ المغرب الأقصى1/ 236 بـ"عوارف المنة في مناقب أبي عبد الله محمد فتحا بن عبد الله معن محيي السنة"، وله:"التلميح في