ربط الشيخ علاقات وطيدة مع زعماء الإصلاح بالمشرق، وبعض ملوكه؛ كالملك إدريس السنوسي، والشيخ محمد زكي إبراهيم، والأستاذ سعيد رمضان، وغيرهم. كان لها دور مهم في تنسيق العمل الإسلامي بين المشرق والمغرب. كما كان منزله مضافة يأوي إليها خيرة العلماء و أعلام الدعاة إلى الله.

كان الشيخ الباقر فقيها أثريا، يدعو إلى العمل بالحديث، ونبذ التعصب المذهبي، وكان يميل إلى الاجتهاد ويعمل به.

وللشيخ محمد الباقر روح إسلامية ووطنية جياشة، وجرأة في إبداء آرائه والانتصار لها، لا يخاف في الله لومة لائم.

ترك أكثر من مائة مؤلف في التفسير والفقه والحديث، والتصوف والتاريخ والأنساب والسياسة؛ منها:"اختصار الموطأ"، واختصار"جامع الترمذي"، و"طبقات الكتانيين طريقة"، في ثماني مجلدات، و"دائرة العلوم والمعارف الكتانية"في ثماني مجلدات، ترجم فيها والده وذكر علومه، و"التاج المرصع بالجوهر الفريد، في ترجمة الشيخ الإمام محمد الكتاني الشهيد"في ثلاثة مجلدات، و"ترجمة الشيخ محمد الكتاني الشهيد"طبعت في مجلد، و"الكواكب الزاهية في أعلام الشعبة الكتانية الوافرة"، و"شرح الورد الكتاني"، و"إيقاف النبلاء بتراجم جماعة من عالمات النساء"، و"بدائع النفائس، في اتصالنا بالفهارس"، و"التبيان لفضائل القرآن"، و"الأجوبة الفقهية والحديثية والصوفية"... وغيرها.