انفرادية، ليتم نقله في أوائل 1958 إلى سجن باب لعلو بمدينة الرباط، حيث مكث 10 أشهر، ثم نقل إلى سجن القنيطرة، وبعد شهرين تم الإفراج عنه دون محاكمة، وفرض عليه عدم مغادرة الرباط إلا بعد موافقة قاضي التحقيق.

غادر مدينة سلا في 15 يونيو 1958 قاصدا مدينة تطوان، وفي 16 شتمبر 1958 سيعود إلى الريف، وبعد أسابيع من عودته انتفض الريفيون دفاعا عن الريف والوطن وصونا لعزتهم وكرامتهم. وعن ظروف اندلاع الانتفاضة يقول القائد محمد الحاج سلام أمزيان:

" لقد وجدنا أن كل الملابسات تدعونا إلى القيام بهذه الحركة لإنقاذ الوطن من الانهيار، وإلا فلن يرحمنا التاريخ والأجيال الصاعدة ".

بعد القمع الدموي الشرس الذي جوبهت به انتفاضة الريف، اضطر في مارس 1959 إلى مغادرة الريف، وتمكن بعد مسار شاق عبر الأودية والجبال من دخول مدينة مليلية، ومنها سافر إلى دولة اسبانيا.

في يوم 05 أبريل 1960 سيسافر إلى مدينة القاهرة بجمهورية مصر، حيث سيلتقي بالزعيم محمد بن عبد الكريم الخطابي وظل يشتغل إلى جانبه ككاتب خاص حتى وفاة الزعيم الخطابي. بعده سيقرر محمد سلام أمزيان الاستقرار بدولة الجزائر وذلك ابتداء من أبريل 1973، وفي صيف 1981