وقد بدأ المؤتمر في يوم الجمعة 29 من المحرم سنة 1391 هـ الموافق 26 من مارس (آذار) سنة 1971 م بلقاء الأعضاء في الجامع الأزهر لتأدية صلاة الجمعة.

ثم استمرت جلساته صباحا ومساء حتى يوم الخميس 5 من صفر سنة 1391 هـ الموافق أول أبريل (نيسان) سنة 1971 م.

وقد خصص المؤتمر الجزء الأكبر من نشاطه للبحث في العدوان الإسرائيلي الصهيوني على أرض فلسطين السليبة وعلى الدول العربية المجاورة لها، ولكن اهتمام المؤتمر بهذه المحنة الأليمة وتركيزه عليها لم يصرفه عن بحث عدد من المشكلات التي تواجه الإسلام والمسلمين في حياتهم الدينية والاجتماعية والاقتصادية.

وتحت لواء الإسلام وتعاليمه وعلى هدى من حقائق التاريخ واستنادا إلى المبادئ الإنسانية وما تواضع عليه العرف الدولي، وتعبيرا عن إجماع علماء المسلمين يقرر المؤتمر ما يأتي:

1 -مطالبة الدول والشعوب الإسلامية بدعم وتأييد الشعب العربي الفلسطيني سائر الشعوب العربية والمقاومة العربية بالعمل الجدي الدءوب لتحرير الديار وسائر المقدسات إلى أن تعود إلى أربابها.

يؤكد المؤتمر قراراته السابقة بأن الجهاد بالنفس والمال أصبح فرض عين على كل مسلم ومسلمة، ولذلك يدعو المؤتمر المسلمين جميعا أينما كانوا إلى النفير العام.

2 -المسجد الأقصى المبارك وسائر المقدسات الإسلامية ملك للمسلمين جميعا لا يملك أحد التصرف فيها أو الانتقاص من قدسيتها كما أن المقدسات المسيحية من واجب المسلمين حمايتها وتأمين زيارتها لكل المسيحيين في العالم عملا بالعهدة العمرية وأحكام الشريعة الإسلامية.