• ثالثًا: كما للشيخ جهد كبير في محاولة ضبط الأوقاف وتنظيمها وربطها بالمحكمة للحفاظ عليها من الضياع ومن الاستخدام في غير ما أوقفت له إضافة الى العمل على تغيير نوع الوقفية فبدل من أن تكون جميع الأراضي الموقفة حصر على جانب واحد كانت هناك محاولات في جعل الأوقاف الجديدة تكون لأعمال البر العامة وذلك لتعميم الفائدة منها وعدم التقيد بجانب دون جانب.

• رابعًا: تنظيم المأذونين: فقد قام بحصر المأذونين بعد أن كان غير معروف عددهم، والمتابعة معهم والتأكد من أهليتهم واستبدال من توفي منهم بآخر تكون له الأهلية لذلك.

مميزات المرحلة الثالثة:

• أولًا: أنتقل نشاط القضاء من المستوى الفردي إلى المستوى المؤسساتي، أي بعد أن كان قاض واحد يتولى كل مهام القضاء وكل مجريات الأمور معتمدة عليه أصبح هناك مؤسسة مكونة من عدة أفراد كلٌ له مسئوليته الخاصة ضمن تسلسل هرمي أعلاه القاضي إلى أصغر موظف في المحكمة.

• ثانيًا: أصبح للمحكمة مقر رسمي خاص بها من قبل الدولة يعرفه السكان المحليون ويرجعون إليه في جميع أمورهم القضائية بعد أن كان مكان المحكمة مقتصر على المجلس الخاص للقاضي.

• ثالثًا: أصبحت المحكمة أكثر تنظيمًا من ذي قبل فقد وضعت قوانين وانظمه على جميع المعاملات ومواعيد خاصة يلتزم بها الجميع الأمر الذي سهل على القاضي طريقة مراجعة الأمور المعروضة لديه إضافة إلى تخفيف الأعباء القضائية عليه.

التنظيم الإداري للمحكمة الجعفرية في الأحساء.. خلال المرحلة الثالثة

اتخذت المحكمة تنظيمًا إداريًا داخليًا وزعت الأعضاء من خلاله الى أقسام مختلفة وذلك حسب الحاجة وما تقتضيه الضرورة وكان أوله في عهد الشيخ باقر ابوخمسين ثم تطور قليلًا في عهد الشيخ محمد الهاجري وهو كما يلي [49] :