أسسها السيد محسن الحكيم الطباطبائي ـ المرجع الديني الشهير ـ سنة 1377هـ. وهي من أهم المكتبات في النجف الأشرف وتضم ستة عشر ألف مطبوع وثلاثة آلاف مخطوط، ومن مخطوطاتها الأحسائية:

- «3» مخطوطات للشيخ أحمد بن زين الدين الأحسائي [71] .

-ديوان علي بن المقرب العيوني [72] .

مكتبة عز الدين الجزائري «النجف الأشرف» :

يوجد في هذه المكتبة مخطوطة واحدة أحسائية للشيخ أحمد الأحسائي [73] .

المكتبة التسترية العامة «النجف الأشرف» :

من المكاتب الشهيرة في النجف الأشرف تتضمن العديد من المخطوطات الأحسائية، المعروف منها «5» مخطوطات للشيخ الأحسائي، و «3» [74] مخطوطات مشابهة لنفس الكتب.

مكتبة العلامة الحائري العامة «كربلاء» :

وهي التي أسسها آية الله الميرزا على بن الميرزا موسى الحائري في كربلاء وضمنها جميع تراث الشيخ الأحسائي أحمد بن زين الدين والتي تصل إلى أكثر من مئة كتاب، إضافة إلى ما كتبه تلامذته وأقطاب مدرسته، وهي تضم مخطوطات نادرة، طبع الأستاذ رياض طاهر القيم على المكتبة فهارس لبعض مخطوطاتها، والتي من أهمها مخطوطات الشيخ الأحسائي، وهي تزيد على مئة مخطوط.

المتحف العراقي «بغداد» :

وهو من المراكز المهمة للمخطوطات وقد ضم في مخطوطاته:

-ديوان علي بن المقرب العيوني أو مختارات من شعره: «7» مخطوطات [75] .

كما ضمت عدد من المكتبات العراقية نسخة أو نسختين من مخطوطة ديوان علي بن المقرب العيوني أو مختارات من شعره وهي كما يلي:

المكتبة العباسية بالبصرة، مكتبة الدراسات العليا في بغداد نسختين من الديوان، مكتبة الموصل نسختان من الديوان، مكتبة محمد بهجة الأثري في بغداد [76] ، خزانة محمد أحمد المحامي بالبصرة [77] .

مكتبة يحي باشا بالموصل:

-يوجد بها نسخة خطية من كتاب"الحاشية على البهجة المرضية في شرح الألفية"للشيخ محمد صالح بن إبراهيم الأحسائي [78] .