المكتبة المركزية لجامعة طهران:

وهي تحوي الكثير من المخطوطات الأحسائية.

-الشيخ أحمد بن زين الدين الأحسائي له وحده منها «57» مخطوطة، يوجد مخطوطات مكررة لنساخ آخرين وعددها «23» مخطوطة [4] .

-الشيخ ابو بكر بن علي الأحسائي «ت 1076هـ» : يوجد مخطوطة واحدة بعنوان:"التبصرة في الخطب والمواعظ" [5] .

المكتبة الوطنية «ملّي» في طهران:

تعد أكبر مكتبة من حيث المخطوطات الأحسائية، وللعديد من العلماء ولكن عدم حصولنا على فهرس المكتبة فوت الكثير علينا من المخطوطات الأحسائية.

-فقد جمعت فهارسها للشيخ الأحسائي وحده قرابة «58» مخطوطة لكتب مختلفة، إضافة إلى ما يصل «33» [6] مخطوطة مكررة لنساخ آخرين للمخطوطات الموجودة.

كلية الحقوق بطهران:

استطاعت الحصول على «8» مخطوطات من مؤلفات الشيخ أحمد الأحسائي [7] .

كلية العلوم الإسلامية بمشهد:

يوجد فيها «10» مخطوطات للشيخ الأحسائي، ولا يبعد وجود غيرها لعدم حصولنا على الفهارس الخاصة بالمكتبة.

كلية الإلهيات بطهران:

ضمت هذه المكتبة العديد من مخطوطات الشيخ الأحسائي حيث وصلت إلى 32مخطوطة، بينما يتراوح عدد النسخ المخطوطة بين 1 نسخ ليصل في بعض المخطوطات إلى 6 نسخ مكرره لخُطاط مختلفين ليكون عدد النسخ إلى 19 مخطوطة بأقلام نساخ آخرين [8] .

مكتبة مدرسة ومسجد گوهرشاد:

أسست هذه المكتبة في مشهد «گوهرشاد» زوجةُ شاهْرُخ بهادُرخان وأمّ بايْسُنقُر، إلى جوار حرم الإمام علي بن موسى الرضا عليه السّلام، عام 828 هـ. وقد نُهبت هذه المدرسة خلال عدوان الأوزبكيّين على المنطقة، ومع ذلك بقي بها عدد كبير من المخطوطات الهامة والنادرة، وهي تضم اليوم من تراث المخطوطات الأحسائية:

-الشيخ أحمد بن زين الدين الأحسائي: «8» مخطوطات.

جامعة أصفهان «أصفهان» :

يوجد في هذه الجامعة من مخطوطات الشيخ الأحسائي «6» مخطوطات [9] .

جمعية نشر الثقافة «رشت» :