ومع بداية الثورة الإسلامية وتولي الإمام الخميني منصب الزعامة, ترسخت مرجعيته بشكل قاطع في إيران, لكن رجال الدين التقليديين الذين كانوا يمثلون آية الله الخوئي مع بعض المراجع المحليين, مع أنهم واقعون تحت الضغط, قد قاوموا في كثير من الأحوال تلك التطورات, وتشهد قوافل حج العشرة المباركة بعد الثورة أن 90% من الزائرين كانوا من مقلدي الإمام الخميني, وفي هذه الفترة كانت معارضة آية الله الخوئي بين الثوار واسعة النطاق وقد ظل الشعب المتأثر بالثورة واقعًا تحت هذا التأثير.

من المؤكد أن الحرب قد زادت من اتساع الهوة بين إيران والعراق, ومما لا شك فيه أن مقلدي آية الله الخوئي لم يعيروا هذه الهوة أي اهتمام, لكن كان واضحًا أن هذه الهوة كانت آخذة في الازدياد.

جذور إيرانية:

وفي هذا الوقت حدث تطور آخر في العراق وهو أن المراجع الذين كانوا في العراق كانوا بالأساس ذوي جذور إيرانية, وقد عمل حزب البعث بعد آية الله الخوئي على أن يقضي على المرجعية الإيرانية التي كانت قائمة في العراق, وقدم مرجعًا عربيًا يدعى سيد محمد باقر الصدر وكان يوجد معه مراجع آخرون مرشحون للمرجعية بعد آية الله الخوئي من بينهم آية الله سيد مرتضى بروجردي, ميرزا علي غروي, بهشتي, وسيستاني.

الخوئي والسيستاني: