تضاعفت الحملة على محمد باقر الصدر بعد صدور رسالته العملية الفتاوى الواضحة وكان قد اصدر تعليقات على المنهاج قبل ذلك وقد اتخذت الحملات أسلوب التشكيك بقدرته الفقهية وان فكره فكر جرائد ... وصوروا فتاواه وأفكاره وكأنها متأثرة بالفكر السني بدءا من اعتبار اصول الدين ثلاثة ، إلى القول بطهارة النواصب ، وجواز التكتف بالصلاة إذا لم يكن بقصد الجزئية ، وعدم قتل المرتد الفطري ، واعتبار سهم المؤلفة قلوبهم من الأمور المتحركة حيث اتهم بموافقة عمر في هذه المسألة ، كجزء من اللعب بالألفاظ إلى غيرها من الأمور .

[ مرجعية المرحلة وغبار التغير / جعفر الشاخوري البحراني ص20 ]

وقال الشيخ جعفر الشاخوري أيضًا:

أثارت مرجعية السيد الحكيم حنق بعض المجهولين فاصدروا كتابًا بعنوان الوهابية في فتاوى الحكيم مستغلين بعض الفتاوى التي يمكن من خلالها خداع السذج من الناس والتشهير بها كقوله بعدم مبطلية التكفير وهو وضع إحدى اليدين على الأخرى كما يتعارف عند غيرنا - آهل السنة - وكذلك عدم مبطلية قول أمين بعد الفاتحة للصلاة ، وطهارة آهل الكتاب التي كانت في ذلك الوقت من الغرائب .

[ مرجعية المرحلة وغبار التغير / جعفر الشاخوري البحراني ص21 ]

وقال:

شهد العالم الشيعي حدوث بعض الحملات التشهيرية بوجه بعض الشخصيات الفكرية الكبيرة التي لم تتصد للمرجعية كالشيخ محمد جواد مغنية الذين حاولوا إضفاء لقب الشيخ الأحمر عليه نظرًا لحواره مع الشيوعيين .

وكالشهيد مرتضى المطهري الذي عانى من جراء ذلك ويمكن للقارئ اقتناء كتاب أجوبة الأستاذ المطهري على كتاب مسألة الحجاب ليعرف حجم تلك الحملات ، وقد أشاعوا ان كتابه مسألة الحجاب قد أدى إلى انتشار السفور .

كما ان الخميني لاقى بدوره الكثير من الحملات القاسية قبل انتصار الثورة وبعدها من داخل الحوزة حتى قال الخميني: