كذلك بحث الشيخ مرتضى الأنصاري نظرية أستاذه النراقي وانتقدها بشدة في كتابه"المكاسب"وقال عن الروايات المستدل بها على ولاية الفقيه على فرض صحتها:"لكن الإنصاف بعد ملاحظة سياقها أو صدرها أو ذيلها يقتضي الجزم بأنها في مقام بيان وظيفتهم من حيث الأحكام الشرعية لا كونهم كالنبي والأئمة صلوات الله عليهم في كونهم أولى بالناس في أموالهم، فلو طلب الفقيه الزكاة والخمس من المكلف فلا دليل على وجوب الدفع إليه شرعًا".

وانتهى إلى القول"فإقامه الدليل على وجوب إطاعة الفقيه كالإمام إلا ما خرج بالدليل دون خرط القتاد". ولكنه رغم ذلك أجاز النيابة الجزئية للفقهاء أي المرجعية الدينية التي يمكن الرجوع إليها في الأمور التي لم تحمل على شخص معين.

وبعد الأنصاري توقف البحث الخاص في ولاية الفقيه كنظرية معتبرة بالمعنى الذي أطلقه النراقي إلى أن جاء الإمام الخميني وأعاد إحياءها.

لم يكن جميع فقهاء الشيعة مؤيدين لنظرية ولاية الفقيه المطلقة، فالغالبية العظمى منهم عارضوا الإمام الخميني في هذه النظرية في حياته ولحد الآن، ومنهم نائبه أيام الثورة الإسلامية، آية الله حسين علي منتظري الذي كان من المقرر أن يخلف الخميني ليكون مرشد الثورة الإسلامية في إيران بعد وفاته. وكان منتظري مؤيدًا لولاية الفقيه الجزئية أي التي تعني في المسائل الدينية فقط، وليس في المسائل الدنيوية والمطلقة، إذ كان يدعو إلى فصل الدين عن السياسة، مما حدا بالخميني إلى عزله في السنة الأخيرة من حكمه، وفرض عليه إقامة إجبارية في منزله، وتم تعيين السيد علي خامينئي خليفة للخميني، رغم أن خامينئي لم يكن قد بلغ درجة الاجتهاد (آية الله) عند وفاة الخميني عام 1989.

وآية الله شريعتمداري إلى حد أن اتهمه الخميني بالردة عن الإسلام!!