و لم يكن حينها إسماعيل مطاردًا إلى أن اعتقل أحد المطاردين ممن كانوا على علاقة به, فرفض شيخ الصقور تسليم نفسه وأصرّ على اللحاق بركب المطاردين, وأصبح الشهيد على رأس المطلوبين للصهاينة رفضًا منه لاتفاقيات أوسلو، وقد أوكلت لإسماعيل مهمة المسئول العسكري للمنطقة الشمالية لكن هذا لم يمنعه من المشاركة في العمليات العسكرية المهمة ضد قوات الاحتلال.

و ذكر أحد المقربين من الشهيد إسماعيل - رحمه الله - أن الشهيد شارك مع كتائب القسام في عدة عمليات عسكرية نوعية في الانتفاضة السابقة, ولكن لم يفصح إسماعيل عنها، و استمر الشهيد في رحلة المطاردة حتى عودة السلطة الفلسطينية عام 1994 وانضم الشهيد إلى جهاز المخابرات العامة وعندما طلب منه الخروج لاعتقال المجاهدين والشرفاء وخاصة أبناء حماس قدّم استقالته على الفور للواء أمين الهندي مسئول المخابرات الذي رفضها وأعفاه من المشاركة في الاعتقالات, فردّ عليه إسماعيل:"رفقاء السلاح لا يمكن أن أعتقلهم, إن كان لا بد من الاعتقال فليكن للعملاء و المدسوسين". بعدها طلب إسماعيل أن ينقَلَ لجهاز الأمن العام و تم ذلك.

في هذه الأثناء شكل الشهيد إسماعيل مجموعة سريّة لتجهيز القنابل وإعداد قذائف الأنيرجا حيث استطاع الشباب برفقة الشيخ إسماعيل إنتاج العديد من القنابل وقذائف الأنيرجا.