وبعد وفاة الشيخ صفي، تولى أمر هذه الأسرة كل من: خواجه على، الشيخ مفيد والشيخ حيدر. وقد قتل الأخيران - مفيد وحيدر - في الحرب مع الشروانشاهيين وبعد ذلك تمكن اسماعيل بن الشيخ حيدر من الوصول إلى السلطة بمساعدة أتباعه الذين توجوه ملكًا رسميًا في تبريز.

بعد أن تمكن الشاه اسماعيل من الوصول إلى السلطة، أعلن أن المذهب الشيعي الإثنى عشرى هو المذهب الرسمي في إيران، وقد حذره أتباعه من معارضة السنة لوجود ملك شيعي، الأمر الذي جعله يتجه لاستخدام القمع ضد المعارضين من السنة الذين كان بتراوح عددهم بين 200 ألف 300 ألف مسلم سني.

ولذلك هاجر الكثير من علماء أهل السنة في عصر الشاه إسماعيل الصفوى من المناطق المركزية الإيرانية إلى ما وراء النهر، وكذلك ناحية نهر جيجون.

بعد الشاه اسماعيل وجه الملوك الصفويون من بعده الدعوة لرجال الدين والعلماء الشيعة الذين كانوا يعيشون في جبل عامل في لبنان للإقامة في الدولة الصفوية، وإقامة نظام إداري حديث.

من جملة الأنشطة والممارسات الأخرى التي حدثت في إيران على يد الحكومة الصفوية بهدف ترويج ونشر المذهب الشيعي نذكر ما يلي:

ــ إقامة صلاة الجمعة وفقًا للمذهب الشيعي.

ــ إسناد المناصب الرئيسية إلى علماء الشيعة مثل منصب شيخ الإسلام.

ــ حماية ورعاية الحوزات العلمية الشيعية التي تقوم على تربية وتنشئة الطلاب، ورعاية العلماء ذوى الاستعداد الخاص في هذا الصدد.