وهناك لجنة وزارية مشتركة بين إيران والسودان تنعقد كل عامين بهدف تأطير التعاون المشترك وقد عقدت أولى دوراتها في طهران عام 1990 فيما عقدت الدورة الثانية بالخرطوم 1991 وعقدت الدورة السابعة في يوليو 2003 بطهران تم خلالها توقيع عدد من الاتفاقيات ومذكرات التفاهم فيما عقدت الدورة الثامنة بالخرطوم في الفترة من 5 ـ 9 سبتمبر 2004 تم في ختامها التوقيع بالأحرف الأولى على اتفاقيات الحجر الزراعي والتبادل المصرفي ومنع الازدواج الضريبي وقد شملت الدورات الثماني للجنة المشتركة معظم مجالات التعاون في العمران، والطاقة، واستكشاف وإنتاج البترول، السدود، الطرق والجسور، النقل، السكة الحديد، الزراعة وصيانة التربة ومكافحة التصحر، الصناعة والتجارة والاستثمار بالإضافة للتعاون بين وزارتي الداخلية في البلدين. كما أن هناك لجنة سياسية مشتركة للتنسيق والتشاور بين وزارتي خارجية البلدين تعقد اجتماعاتها كل عام بالتناوب، وقد عقدت اللجنة آخر دوراتها السادسة في إبريل 2004 وإبان زيارة الدكتور مصطفى عثمان وزير الخارجية السوداني إلى طهران في أبريل 2002 طرح على نظيره الإيراني إمكانية قيام مشروعات مشتركة بين السودان وإيران وأثيوبيا، وقد بدأ العمل في إعداد الدراسات الفنية لهذه المشروعات إلا أنها لم تر النور حتى الآن.

أما فيما يتصل بالعلاقات التجارية، فقد شملت واردات السودان من إيران المنسوجات والكيماويات والمواد الغذائية ووسائل النقل والمواصلات كما كانت تشمل المنتجات البترولية حتى عام 1991 بينما اقتصرت صادرات السودان لإيران على السمسم الأبيض فقط.