وتأسيسا على هذا المنهج الفكرى عملت بعد عودتى لمصر مع فرج فودة الى أن قتلته فتاوى فهمى هويدى،ثم عملت مع منظمات حقوق الانسان، واشتركت مع مركز ابن خلدون في نضاله التنويرى ومشروعاته الاصلاحية ومنها مشروع اصلاح التعليم المصرى وغيرها، وفى كل هذا النضال كانت مقالات هويدى تلاحقنا تحرض الأمن والارهابيين الى ان أغلقت الديكتاتورية المصرية مركز ابن خلدون وقبضت على الدكتور سعد الدين ابراهيم واعتقلت بعض أصحابى القرآنيين فاضطررت للهرب ثانيا الى أمريكا في اكتوبر2001.أثناء اشتداد موجة العداء للاسلام بعد تفجيرات الحادى عشر من سبتمبر.

مشروعى الفكرى تحدث بالانجليزية في أمريكا مدافعا عن الاسلام موضحا التناقض بينه وبينه الفكر المتطرف الذى انتج ابن لادن.ودائما ما كنت أرسل أبحاثى وسيرة حياتى لتنشر على الانترنت والى المثقفين الامريكان مما أسفر عن تراجع موجة العداء للاسلام وتوجيه التهمة الى مذهب ابن لادن الارهابية فقط ، وعرفوا ما اصبحوا يسمونه بالاسلام المعتدل . ابحاثى جذبت اهتمام الدكتور بايبس الذى يتهمونه بالعداء للاسلام والمسلمين ،مع انه يكتب الآن ما يدل على احترامه للاسلام وحضارته الا انه يناهض مثلى التطرف المسلح . بل انه الآن يقوم بمناظرة اولئك الذين لا يزالون يتهمون الاسلام كدين ولا يفرقون بينه وبين الارهابيين، وبنفوذه الفكرى ونشاطه المستمر راجع كثيرون مواقفهم، ولكن هذا بالطبع لن يجعل المنظمات السلفية الوهابية ترضى عنه حتى يتبع ملتها وهذا ما لن يحدث بعون الله تعالى. كان لا بد من التعاون بيننا ضد التطرف وثقافته الارهابية، هم يريدون الدفاع عن بلادهم وانا أريد الدفاع عن دينى .