عقائد الأغاخانية هي عقائد الإسماعيلية،وفيما يلي بيان لأبرزها مما صاغه الأغاخانيون بأسلوبهم، ومما احتوته كتبهم ونشراتهم:

1ـ بنى الإسماعيليون ومنهم الأغاخانيون معتقدهم في الألوهية على ما أسموه (التنزيه والتجريد) وانتهوا إلى تعطيل الله سبحانه عن كل وصف وتجريده من كل حقيقة، وقالوا:"لا هو موجود، ولا لا موجود، ولا عالم ولا جاهل، ولا قادر ولا عاجز.."ونفوا أسماءه وصفاته بزعم أنه فوق متناول العقل.

وصرفوا صفات الله إلى أول مبدع خلقه الله ـ بزعمهم ـ وهو العقل الأول، واعتبروا أن المخلوقات كلها وجدت بواسطة العقل والنفس! حيث يقول مصطفى غالب، وهو من الإسماعيلية المعاصرين، في كتابه"الثائر الحميري الحسن الصباح":"والعقل الأول أو المبدع الأول في اعتقاد الإسماعيلية هو الذي رمز له القرآن بـ (القلم) في الآية الكريمة (ن والقلم وما يسطرون) ، وهو الذي أبدع النفس الكلية التي رمز لها القرآن أيضًا بـ ( اللوح المحفوظ) ووصفت بجميع الصفات التي للعقل الكلي، إلاّ أن العقل كان أسبق إلى توحيد الله فسمي بـ (السابق) وسميت النفس بـ (التالي) ، وبواسطة العقل والنفس وجدت جميع المبدعات الروحانية والمخلوقات الجسمانية، من جماد وحيوان ونبات وإنسان، وما في السماوات من نجوم وكواكب."

2ـ وفي مقابل تعطيل صفات الله وأسمائه، ونفي صفة الخلق عنه، يصرف الأغاخانيون صفات الربوبية والألوهية إلى أئمتهم، فقد ادّعى الأغاخان الثالث أن الإله متجسم فيه شخصيًا وأن آلافًا من البشر يعتقدون ذلك. (تاريخ الدعوة الإسماعيلية لمصطفى غالب ص 358-359) .

ويشير الدكتور محمد كامل حسين رحمه الله في كتابه"طائفة الإسماعيلية"إلى حادثة جرت له مع أغاخان الثالث محمد شاه الحسيني تؤكد ادعاه للألوهية، فقد قال له لقد أدهشتني بثقافتك وعقليتك فكيف تسمح لأتباعك أن يدعوك إله؟