ينظر الشيعة إلى محمد باقر المجلسي نظرة احترام كبيرة، وإجلال، ويعتبرونه أحد الذين حفظوا مذهب الشيعة الإمامية، وحُفظ المذهب بهم، بل ويعتبرونه الذي حمى إيران، والدولة الصفوية التي لم تسقط إلاّ بعد وفاته!

وترجم له صاحب كتاب"المرجعية الدينية ومراجع الإمامية"ص 58 بقوله:"..كان شيخ الإسلام المطاع من قبل السلاطين الصفويين في أصفهان حينما كانت هذه المدينة حاضرة لبلاد إيران، وكان من موقعه الديني المتميز يباشر بنفسه جميع المرافعات وشؤون القضاء وإجراء الحدود الإسلامية.. وقال عنه المحدث النوري في كتابه"دار السلام""لم يوفق أحد في الإسلام مثل ما وُفّق هذا الشيخ المعظم والبحر الخضم والطود الأشم من ترويج المذهب بطرق عديدة أجلها وأبقاها التصانيف الكثيرة التي شاع ذكرها في الأنام..

وبلغ من ترويجه لمذهب الإمامية حدًّا بحيث أن عبد العزيز الدهلوي من كبار علماء السنة وصاحب كتاب"التحفة الإثنى عشرية في الرد على الإمامية"صرح بأنه: لو سمي دين الشيعة بدين المجلسي لكان في محله"."

وأما دوره في الدولة الصفوية الشيعية ومكانته، فينقل مؤلف كتاب"الهجرة العاملية إلى إيران"ص195 بعض ما جاء في كتب التاريخ الإيراني عن المجلسي"الذي، وإن لم يجلس فعلًا على العرش، لكنه بشخصيته القوية القادرة، استطاع أن يقبض على الأمور، وسط الظروف الحالكة، التي كانت تمر بها البلاد، حيث كان الأفغانيون يهدّدون باجتياحها، مستغلين ضعف الشاه حسين الأول. وفعلًا حفظ البلاد طيلة حياته، ولم ينجح الأفغانيون في اجتياح إيران إلاّ بعد وفاته".

وأطلق على المجلسي"شيخ الدولة الصفوية"، وكانت له الكلمة المسموعة، وقد عاش في المرحلة الصفوية الأخيرة ( ) عيشة ترف وأبهة. وكان شديد التعصب لمذهبه فأغرى الدولة باضطهاد جميع مخالفيه.