وفي 27/7/1983 أوقفت الجمعية نشاطها أو أجبرت على حل نفسها بعد أن أشار الإمام الخميني في إحدى خطبه إلى قيام البعض بممارسة نشاط مغاير لأهداف الجمهورية الإسلامية. فقد جاء في البيان الذي أصدرته الجمعية بهذه المناسبة: أنه شاع في أعقاب كلمة الإمام الخميني أن طرف الخطاب المعني هو: جمعية الحجتية. وعلى الرغم من أنه لا يوجد دليل واضح على أن الإمام الخميني أصدر أوامره بحظر نشاط الجمعية، إلا أننا استشرنا بعض الشخصيات الموثوق بها، وتبين لنا أن المخاطب المعني هو: جمعيتنا، وعرض الأمر على حجة الإسلام والمسلمين السيد محمود الحلبي، فقال: في مثل هذه الحالة، يجب علينا شرعًا أن نحل الجمعية ونوقف نشاطنا، وأن نعطل جميع الجلسات والبرامج، وأن نتبع الإمام والمرجعية، وأن نحافظ على وحدة الأمة وتماسكها، وأن نراعي مصلحة البلاد، وأن نحول دون سوء استغلال أجهزة الإعلام الأجنبية للموضوع، وأن نتصدى لأغراض أعداء الإسلام، وأن نعلن عن وقف جميع الجلسات والخدمات الخاصة بالجمعية اعتبارًا من تاريخه، كما نعلن أنه غير مسموح لأي شخص أن يمارس أي نشاط تحت اسم هذه الجمعية.

والواقع إن الخطاب غير السياسي لأعضاء جمعية الحجتية أصبح بمرور الوقت من أهم أسباب الصراع بين القوى الثورية وبين أعضاء الجمعية بعد نجاح الثورة الإسلامية واستقرار النظام الجمهوري، فالثوار كانوا يعتبرون أن الطريق الوحيد لمحاربة الطاغوت والظلم هو الوقوف في وجه النظام الاستبدادي والنظام الإمبراطوري، ولم يقبلوا أسباب وتبريرات الجمعية في مسألة عدم تدخلها في السياسة.