والجمعية أيضًا لم تكن لديها نية للتراجع عن موقفها على الرغم من أن البعض أكد على أن الجمعية أعادت النظر في لائحتها وألغت البند الخاص بمنع أعضاء الجمعية من العمل بالسياسة. كما أن الثوار الشباب في الحوزة العلمية الدينية وغيرها من الأوساط الدينية اقتفوا أثر الإمام الخميني ووصفوا أعضاء الجمعية بأنهم رجعيون ومتحجرون ومؤمنون بتفسير متخلف للإسلام، وبأنهم ليست لديهم القدرة على التكيف والتواؤم مع الظروف الجديدة.

وإلى جانب فصل الدين عن السياسة وتحريم النشاط السياسي في عصر الغيبة ثمة اتهامات أخرى موجهة إلى جمعية الحجتية وهي:

1ـ موقفها السلبي من ولاية الفقيه، فالحجتيون يرون أن ولاية عصر الغيبة على الشيعة ولاية ظاهرية وليست ولاية مطلقة، كما هو حادث الآن بالنسبة لولاية آية الله خامنئي المطلقة.

2ـ تعاون الجمعية مع نظام الشاه ومع جهاز (الساواك) ضد البهائية.

3ـ موقفها من الحرب العراقية ـ الإيرانية التي استمرت ثماني سنوات. وعلى الرغم من أن البعض يؤكد أن بعض أعضاء الجمعية شاركوا في هذه الحرب، إلا أن البعض الآخر يرى أن الجمعية انتهزت فرصة هذه الحرب وتوسعت في نشاطها، وأن الحجتيين ضموا أعضاء جددا من الجنود إليهم أثناء وجودهم في جبهات القتال.

وبعد أن وضعت الحرب أوزارها وعاد الجنود إلى مدنهم، قام الحجتيون بتكوين تنظيمات سرية في الجيش والتربية والتعليم، وتوسعوا في ضم أعضاء جدد وفي تربية الكوادر، حتى واتتهم الفرصة أثناء انتخابات رئاسة الجمهورية التاسعة، وأوصلوا أحمدي نجاد إلى منصب رئيس الجمهورية .

أ ـ موقف الإمام الخميني من الجمعية ورأي آية الله خامنئي وبعض رموز النظام فيها: