يؤكد البعض على أن الإمام الخميني لم يعترض على نشاط الجمعية في البداية، وأنه عين"أبا القاسم خزعلي"كممثل للإمام في الجمعية، وبعد أن ارتفعت موجة الانتقادات ضد الجمعية قام الإمام الخميني بإبلاغ"أبي القاسم خزعلي"بأنه لم تعد لديه رغبة في حضوره كممثل له في الجمعية، لكنه كلفه بالإشراف على الجمعية وتقديم تقرير له عنها. إلا أنه طلب منه بعد فترة أيضًا التوقف عن الإشراف على الجمعية.

وفي تصريح للإمام الخميني بعد الثورة قال:"إن الأمر الأشد إيلامًا هو الشعار المضلل الذي يرفعه البعض ويقول فيه: إن قيام أي حكومة قبل ظهور إمام الزمان (المهدي المنتظر) باطل. كان الحجتيون يحرمون النضال، والآن أصبحوا أكثر ثورية من الثوار أنفسهم". وقيل إن الخميني في أواخر عمره وصف المتحجرين وأعضاء جمعية الحجتية بأنهما أكبر من أي خطر آخر. وكما ذكرنا من قبل، كان لحديث الخميني عنهم في خطبه وتصريحاته أثر في أن تقرر الجمعية وقف نشاطها دون أن يطلب الخميني منهم ذلك صراحة.

أما آية الله سيد علي خامنئي ـ الزعيم والمرشد الأعلى الحالي ،فقد قال عنهم حينما كان رئيسًا للجمهورية: في رأيي أنه يوجد بينهم عناصر ثورية ومؤمنة وصادقة ومخلصة للثورة، ومؤمنة بولاية الفقيه، ومستعدة لخدمة البلاد والجمهورية الإسلامية، كما أن فيهم عناصر سلبية ومتشائمة ومعوجة الفهم وغير مؤمنة وفي حالة استياء واعتراض بصفة مستمرة.

أما السيد هاشمي رفسنجاني ـ رئيس الجمهورية الأسبق ورئيس مجمع تشخيص مصلحة النظام الحالي ـ فيرى أنهم أناس مسلمون ومؤمنون على الرغم من عدم اعتبارهم من الثوار. ويقول: ومع هذا لا يجب مضايقتهم، بل يجب تشجيعهم والاستفادة من قدراتهم في ظل الظروف الجديدة (انظر أحاديث هاشمي رفسنجاني ومذكراته) .