وتعتبر الفترة التي قضاها بعض قادة الجهاد، في الداخل، في مخيم مرج الزهور بجنوب لبنان فترة حاسمة، فقد تبين أن جلسات مطولة ومنتظمة كانت تتم بين حزب الله ونشيطين من"الجهاد الإسلامي". ونتج عن هذه اللقاءات تبني بعض قادة الحركة التشيع خلال وجوده في"مرج الزهور"، وبدأ بالعمل الشيعي بعد ذلك بشكل سري ومنظم، وكان يتم تدريس التشيع بين أفراد ينتمون إلى حركة الجهاد الإسلامي بسرية تامة، ولم يظهر أي أثر للتشيع حتى بداية انتفاضة الأقصى سنة 2000م، حيث بدأت تطفو على السطح الحركات المسلحة، ومنها"الجهاد الإسلامي"، فانتهزوا الفرصة، وأظهروا التشيع علنًا مستغلين حالة الفوضى، وانشغال المسلمين بمقاومة اليهود، واستغلوا عاطفة المسلمين مع كل من يحمل السلاح.

وقاموا بإنشاء عدة مؤسسات، خاصة في محافظة بيت لحم، مثل اتحاد الشباب الإسلامي، وهو عبارة عن جمعية خيرية دعوية أنشأت فيه ناديا للشباب فيه كثير من المغريات لاستقطاب أكبر عدد، كذلك تم إنشاء مستوصف الإحسان الخيري، ومستوصف السبيل، ومركز نقاء الدوحة الجراحي، ومدرسة النقاء ومركز النقاء النسوي. وإضافة إلى فتح دور للقرآن الكريم في المساجد، وتقديم دعم مالي لطلاب الجامعات، واعتماد راتب شهري للمنتسبين إليهم. ومؤخرًا قاموا بشراء مبنى في بيت لحم بقيمة 300 ألف دولار.

وفي 24/3/2000 نشرت مجلة الوطن العربي تقريرًا بعنوان"خطة إيرانية لنشر المذهب الشيعي في أوساط الفلسطينيين"، تطرق إلى الجهود الإيرانية التي تبذل من خلال"حركة الجهاد"لنشر التشيع في الأراضي الفلسطينية، ومخيمات اللاجئين الفلسطينيين في لبنان بمساعدة حزب الله الشيعي اللبناني ، احتوى على المعلومات التالية والتي تحقق قسم منها على أرض الواقع بالفعل: