ظهر الوجود الشيعي بسامراء بعد انتقال مرجعية الميرزا محمد حسن الشيرازي، وإقامته بجوار مرقدها (1875 ـ 1895) ، وتأسيس المدرسة «الجعفرية» فيها. وأثناء تلك الفترة سُيرت في شوارعها المواكب بمناسبة عاشوراء من قبل زائرين وطلبة المدرسة. وخشية على هويتها المذهبية سعى الشيخ سعيد النقشبندي (ت 1920) إلى السلطان عبد الحميد الثاني، فأمر الأخير بتأسيس مدرسة سُنّية (تاريخ علماء بغداد) ، موازية. لكن بعد وفاة الشيرازي انحسر عنها وجود العلماء والطلبة الشيعة. بعدها حاول المرجع أبو الحسن الأصفهاني (ت 1946) ، المقيم بالنجف، شراء الأراضي المحيطة بها، ونقل الفلاحين إليها من المناطق الشيعية، مع السماح لأصحابها السامرائيين بفلاحتها إذا أرادوا. ومراعاة للأمر الواقع لم يمض الأصفهاني في مشروعه (شعراء الغري) . فسامراء وسدانة مرقدها سُنيَّة منذ مئات السنين.

وجدت التكايا الصوفية حول قبتها، حتى ورد في المديح الصوفي لصاحب المرقد: «هلَ بتاج المشايخ يا علي الهادي.. أبو جعفر علي يا قطب سامراء» . إلا أن جعفرًا هذا يكذبه الشيعة، بدعوى أنه ادعى الإمامة وهي لأخيه العسكري، ونعتوه بالكذاب (كتاب الغيبة) . وأكد المجلسي: «كنيته أبو الحسن لاغيرها» (بحار الأنوار) . ولم يمنع هذا التكذيب وجيه سامرائي شافعي، ينتسب إلى آل البيت، من تسمية المهدي المنتظر بالمرتجى: «وإلى الإمام العسكري ونجله.. المرتجى ذاك الإمام المنصف» (عرب، السراء في أحوال سامراء) .