نشرت صحيفة جمهوري إسلامي في 20 فبراير 2006، خبرًا عن توقيع اتفاق بين حزبين: حزب الله اللبناني وحزب المؤتلفة الإسلامي، وقد أشارت ضمنيا إلى الإدعاء القائل بأن الإمام الخميني هو الذي قد قام بتأسيس كلا الحزبين. وكانت صحيفة"شما"الناطقة باسم حزب المؤتلفة الإسلامي قد نشرت في صدر عددها"451"، خبرًا عن الموضوع نفسه، وادعت أن الإمام هو مؤسس الحزبين، لكن صحيفة جمهوري إسلامي يبدو أنها كانت لها رأي آخر، حيث تعتبر أن الإمام معروف عنه أنه لم يقم بتأسيس أي حزب سواء داخل إيران أو خارجها، ومن ثم انتظرت هذه الصحيفة الرد على مثل هذا الموضوع من قبل إعلام المؤتلفة، وفيما يلي الرد حول حقيقة وطبيعة علاقة الخميني بحزب المؤتلفة الإيراني وحزب الله اللبناني.

فيما يتعلق بكيفية تأسيس المؤتلفة الإسلامية تحدث حبيب الله عسكر اولادى عضو حزب المؤتلفة عن هذا الموضوع قبل فترة أثناء مقابلته مع حفيد الخميني حجة الإسلام سيد حسن الخميني، حيث قال:"مع أوائل عام 1963، كان عدد من الأصدقاء النشطين مع نهضة الإمام، الذين عرفوا فيما بعد بالمؤتلفة، يريد العمل بشكل منفصل عن فعاليات الثورة، وكان الخميني آنذاك في منزله بمدينة قم، فقال متسائلا: لماذا يرغب كل من العمل بعيدا عن الآخر، إن العمل هنا من أجل الله، فلما لا نأتلف، ومن هنا جاءت فكرة المؤتلفة الإسلامية، علما بأن بعض العناصر قد فضلت البقاء آنذاك لاسيما الشهداء صادق أماني، والحاج مهدي عراقي، وصادق إسلامي، وسيد أسد الله لاجوردي، والمرحوم شفيق، وأبو الفضل توكلي وغيرهم.."

فمن منطلق أمر الإمام الخميني قام الأخوة بتشكيل المؤتلفة الإسلامية، لكنها ظلت تعمل في الخفاء تحت مسمى هيئة المؤتلفة في تلك الفترة؛ نظرا لسياسات نظام الشاه.