وقد حددت المصادر الاستخباراتية أماكن عدة تسهل نقل الأسلحة والأموال والمجاهدين من إيران إلى العراق، على أية حال، لا تشارك وحدة القدس مباشرة في العمليات الفدائية السنية، كما أن هناك اتفاق خفي بأن هذه المساعدات توجه إلى العمليات التي تحدث ضد القوات الأمريكية وليس الميليشيات الشيعية مثل منظمة بدر، وبهذه الطريق تقدم قوات القدس المساعدات إلى السنة لخلق حالة من الفوضى داخل العراق.

وتساعد هذه الوحدة الشبكات المنتسبة إلى تنظيم القاعدة في بلاد الرافدين، وقد كشف المعلومات التي أفاد بها الفدائيون الذين تم اعتقالهم أن دخولهم إلى العراق تم عن طريق منظمة بدر التي تزودهم بمنازل آمنة، ويوجد في إيران حاليًا أعضاء كبار من تنظيم القاعدة الفار من أفغانستان بعد سقوط طالبان مثل نجل أسامة بن لادن والقائد المصري سيف العدل، وقد كانت منظمة بدر مسئولة أيضًا عن تنسيق الهجمات في السعودية العربية، عل سبيل المثال ترجح المصادر الاستخباراتية وجود علاقة لمنظمة بدر بتفجير الخبر عام 1995. كما يجد أعضاء حزب الله الشيعي السعودي الفارين ملجأ في إيران حتى اليوم، ويقود هذه الوحدة جنرال متهم في تفجير الخبر. ومؤخرًا، أصدر مجاهدون في البيوت الآمنة تحت حماية قوات القدس تعليمات مباشرة على زعماء القاعدة السعوديين الكبار لبدء الهجمات الإرهابية داخل المملكة (منذ ذلك الحين قتل عدد من الأفراد فيما تم أسر عدد آخر) .

وقد بدأت هذه الهجمات بقصف الرياض في مايو 2003، وقد اعترف قائد تنظيم القاعدة بالسعودية الذي استسلم أنه كان بتدخل من منظمة بدر في تنظيم القاعدة، كما أن الأوامر التي صدرت قبل الهجوم الأول على الرياض عام 2003، صدرت من طهران واستخدمت فيها هواتف نقالة سويسرية، لأن المخابرات الإيرانية اكتشفت أنها الوحيدة التي تعرض بطاقات مقدمة بقدرات عالية في الوقت نفسه.