…بخصوص الموقف من الشيعة يقول السقاف: إذا كان التشيع هو حب آل البيت وموالاتهم وتوقيرهم ومعاداة من وقف ضدهم فأنا شيعي، أما إذا كان المقصود هو التشيع الإمامي فأنا أختلف مع الشيعة في مسائل جوهرية في العقيدة والفقه، وأهمها أنني لا أقول أصلًا بوجود مهدي منتظر لا على رأي الشيعة ولا السنة، ولا أقول بعصمة الأئمة ومصادر التلقي والتحقق الشرعي عندي مستمدة من علماء ومصادر السنة بالدرجة الرئيسة وأحترم سيدنا أبا بكر الصديق وسيدنا عمر بن الخطاب ولهما في قلبي المنزلة العظيمة، وإن كنت أفضل علي بن أبي طالب عليهما، ولا أقول بزواج المتعة ولا المسح على القدمين، وأرفض"التقية"في العقيدة وفي غيرها وإن كان للآسف يعمل بها مجموعة من علماء السنة.

…يبدو أنّ معركة السقاف مع السلفيين تدفعه إلى البحث عن شركاء في الوسط الإسلامي، وهو لا يعارض إن كان هؤلاء الشركاء هم الشيعة أو الإباضية أو الزيدية، ما جلب له الأقاويل عن علاقاته بالشيعة، بالإضافة إلى علاقاته الجيدة مع عدد من علماء الشيعة والزيدية ومشاركته في مؤتمرات التقريب وخروجه على الخط الأشعري في عدة قضايا كانت من أسباب الجدل الكبير حوله. يذكر أنّ السقاف يتعرّض لهجوم حاد من الوسط السلفي على خلفية بعض مواقفه المحسوبة على التشيع، وقد خصص عدد من السلفيين كتبًا في الرد عليه، من أبرز هؤلاء الكُتّاب، الذين توزع كتبهم مجّانا غالب الساقي الذي ألّف كتابين هما"الإسعاف في الكشف عن حقيقة حسن السقاف"و"كشف الغمة في التحذير من تعدي السقاف على علماء الأمة".

…في المقابل للسقاف عدة كتب في الرد على السلفيين أبرزها كتابه عن السلفية الوهابية، الذي ترجم إلى اللغة الانجليزية.

التشيع في المنظور الأمني