بعد مقتل الشقاقي تم إلغاء منصب المرشد العام للحركة وعزل الشيخ عبد العزيز عودة من منصبه واصبح المرشد الإيراني علي خامنئي هو المرشد وهو المرجع لحركة الجهاد، كما تم عزل عصام الناطور مسؤول العلاقات الخارجية والمطلع على كثير من أسرار الخلافات بين الشقاقي والإيرانيين كما تم أبعاد عدد من المسؤولين عسكريين من أمثال أبو جهاد في لبنان.

كما تم إلغاء كتاب"معالم في الطريق"لسيد قطب من المنهاج الفكري للحركة وأصبحت كتب القادة الإيرانيين هي المعتمدة خصوصا بين الأعضاء في الخارج، وهناك الكثير من الأمور الأخرى التي لا تسعها هذه المساحة"."

وهذه الأسئلة التي طرحها الباحث الموسوي على حركة الجهاد توضيحها !! لأننا نرى تطبيق لوازمها في سلوك الحركة في هذه المرحلة ، أما قضية أن الشقاقي قد تبينت له أمور نفرته من إيران فهذه تحتاج أدلة

أوضح لأننا لا نملك مؤشرات تدل على ذلك .

قادة حركة الجهاد اليوم والتشيع:

قادة حركة الجهاد الحاليون لهم مواقف واضحة من تبني ودعم حركة التشيع على المستوى العقدى والمستوى السياسي ، وهذه بعض المواقف:

1-يقول أحد زعماء المتشيعين في مصر وهو د. أحمد النفيس في كتابه"رحلتي مع الشيعة والتشيع في مصر"ص 28 عن مرحلة سجنه بعد اغتيال السادات: