لقد بدأت المغامرة عندما لجأ نظام صدام إلى آية الله الخوئي من أجل تحويل مسئولية الطلاب الأجانب إلى المراجع، في البداية توجه الخوئي إلى آية الله محمد علي الحكيم صهر آية الله العظمي الحكيم لكنه لم يكن مستعدًا لقبول هذه المسؤولية, وبما أن الآخرين في الحوزة العلمية لا يتبعون نظام صدام, فإنهم لم يقبلوا بتلك المسئولية ومنهم حسين بحر العلوم الذي اشترط الإفراج عن المعتقلين سياسيًا من المسلمين في حالة توليه هذا المنصب, وحيث لم يتم قبول هذا الشرط, رفض هذا المنصب. في النهاية وافق آية الله سيد محمد الصدر على تولي المنصب, وبالبحث في مرجعيته نجد أن بعض أنصاره سعوا من أجل استقرار الحوزة العلمية بالنجف, وجعلوا المرجعية بشكل كامل في سلطته.

كان هدف النظام البعثي العراقي من هذا الإجراء هو قطع الاتصال الشيعي بإيران إلى أقصى درجة ومن هنا تم إعلان قيام المرجعية العربية.

في تلك الأثناء أجازوا لمحمد الصدر إقامة شعائر صلاة الجمعة, بينما لم يسمحوا لآية الله السيستاني بإقامة الصلاة في مسجد الخضراء, وبرروا ذلك على أنه بقصد إعادة إعمار المسجد في حين أدرك الجميع الكذبة وأن الهدف هو عرقلة آية الله السيستياني, كما كان ضمن أهدافهم, الهيمنة على المدارس الشيعية وتعليم الطلاب الجدد طبقًا لنفس الفكرة.

وكان معظم الطلبة الذين تم قبولهم في هذه المدارس, طلبة مبتدئين ومن الشباب غير المؤهل للعمل والتحصيل.